测序数据分析流程大全

转录组or基因组测序

一、数据读取
1.常用NGS数据库
• SRA (Sequence Read Archive): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
• ENA(European Nucleotide Archive): https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
• GSA (Genome Sequence Archive): https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
2.从网上下载测序数据的工具
sratoolkit的prefetch可下载数据（多个）
wget（这是linux自带工具，需要手动一个一个下载）
SRA to fastq转换：fastq-dump

image.png

二、质控
1.工具
fastqc
fastp傻瓜式我喜欢，全自动化
三、比对
a) STAR（有参转录组比对工具）
b) HISAT2（高效的RNA-seq实验比对工具）
四、计数
a) Salmon（比对计数软件）
b) HTSeq
c) FeatureCounts
五、差异鉴定
DESeq2鉴定差异表达基因
salmon是无需mapping就可以表达定量的工具，逆天了。
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单细胞测序分析流程

一、数据获取

1.平台：GEO、NCBI……

2.数据格式：sra、fastq

3.工具：使用cellranger，最后得到count结果分析

二、seurat

使用seurat读入距阵生成seurat对象，加入一系列meta.data方便后续分析

质控：根据数据情况，可能是包括线粒体、红细胞、count、read进行筛选

数据标准化：标准流程

降维可视化：选择合适resolution进行分簇

三、find差异表达基因：有专门的函数

四、后续个性化分析