云平台 | 云工具之PCA分析操作指南（8）

公主请留步！今天也是干货满满。经前几期的分享，大家对云工具的操作一定非常熟悉啦。小编今天一如既往的给大家分享云工具—PCA分析小工具的使用说明。

PCA分析(Principal Component Analysis)，即主成分分析，是一种对数据进行简化分析的技术，主要目的是为了降低变量数目（即降维）进行简化分析。这种方法可以有效的找出数据中最“主要”的元素和结构，去除噪音和冗余，将原有的复杂数据降维，揭示隐藏在复杂数据背后的简单结构。其优点是简单且无参数限制。

工具使用简介

步骤一：检索小工具

1.登录元莘生物云平台官网：http://cloud.origin-gene.com/（推荐谷歌浏览器打开链接），检索PCA分析小工具。

2.点击对应小工具进入工具分析界面。分析界面内容如下图所示，左边是参数设置，可以上传文件，设置参数基础参数和高级参数；右边是任务结果和查看帮助界面，任务结果区域用于展示生成的结果图，点击查看帮助，弹出帮助说明界面，初次使用建议先仔细阅读帮助文档。

步骤二：输入文件准备

1、根据设置的参数，准备对应的输入文件。可根据帮助文档中的输入文件说明或示例文件格式进行准备。文件要求如下图所示：

2.文件准备好之后，接下来是上传文件。云平台提供两种上传文件方式，一种是从“文件中心”上传，另一种是通过“云工具参数-选择文件”上传。在这里，我们选择通过“文件中心”上传文件进行演示。具体操作步骤如下：1、点击文件中心，找到个人文件夹；2、在个人文件夹目录下点击新建文件夹，弹出“输入文件夹名称”（注意，这里的文件名只包含数字、字母、下划线），然后点击提交即可。另一个需要注意的是，这里不能直接选择新建文件夹。

3.继上一步新建文件夹后，开始上传文件。具体操作如下：点击文件夹→点击上传文件→选择对应的文件→点击开始上传即可。

步骤三：使用小工具

1.首先输入任务名（编辑便于自己查找的任务名），然后上传数据文件。具体操作如下：点击“选择文件”，找到对应的文件夹，从文件夹中选择对应的数据文件，点击“选择”即上传成功。

2.数据文件上传完成之后，接下来是设置小工具的参数，包括基本参数和高级参数，可调整热图的配色、数据转换、数据标准化方向、边框颜色等参数。若不修改参数，使用系统默认参数即可。参数设置完成后，点击提交，界面跳转至“分析中心”，等待运行即可。

到这里，我们的小工具运行操作就结束啦，接下来就是等待任务分析结果生成。

那如何查看分析结果？请接着往下看哦~

结果查看

继上一步说到提交后的界面会跳转到“分析中心”。分析中心是任务进度的体现，主要展示了任务名称、工具名称、任务时间、任务状态等信息。其中，点击查看，界面跳转文件中心，小工具分析所产生的所有文件都储存在对应的文件夹中，同时还提供结果下载；状态栏，显示任务完成与否；“眼睛”按钮，点击之后界面跳转到任务结果展示界面，可实时查看任务结果图（这里主要指的是该小工具会产生结果图），并提供两种结果图的下载方式；“删除”按钮，选择是否删除该任务。若您当前参数生成的结果图不满意，还可以在工具名称栏，点击小工具名称，即可重新输入文件、调整参数运行小工具。

结果说明

pca_importance.xls：各主成分解释度

pca_pc1-2.pdf/png：PCA图

注：横坐标表示第一主成分，百分比则表示第一主成分对样品差异的贡献值；纵坐标表示第二主成分，百分比表示第二主成分对样品差异的贡献值。

图中的每个点表示一个样品，同一个组的样品使用同一种颜色表示，在PCA分析图中，同组内的样本聚集成一簇，椭圆代表95%的置信区间，落在本组圆圈外的样本即为离群样本。如样品组成越相似，反映在PCA 图中的距离越近。

注：坐标轴百分比解释：如果PC1 值为50%，则表示x 轴的差异可以解释全面分析结果的50%。 

本期关于PCA分析的分享到这里就结束了，下期再会~