进化分析 –cgMLST介绍

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一、 cgMLST数据能用来做什么？

cgMLST利用高密度的核心基因组作为标记，构建高分辨率的物种分型结果，对于菌种鉴定及流行病学研究而言贡献了大量重要的数据基础，具体包括：

1. 提供了目标物种的权威核心基因（core gene）列表

2. 对测序菌株进行序列分型和菌种鉴定

3. 对传染病的爆发时间进行解释、预测和印证

4. 分析目标菌种的群体结构和遗传进化规律

二、 MLST与cgMLST？

MLST分型技术，是一种传统的基因分型技术，利用一组7个左右的管家基因对菌株进行分型，目前pubMLST数据库中已经有鲍曼不动杆菌、气单胞菌、克雷伯菌等129种微生物的MLST数据。cgMLST，全称为全基因组多位点序列分型(CompleteGenome Multilocus SequenceTyping)，是多位点序列分型（MLST）的一个拓展方法，与MLST只选择数个保守基因不同，cgMLST以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记.cgMLST技术以现有MLST数据为基础，在构建核心基因组和分型的过程中，一方面确保已有MLST管家基因存在于核心基因集合中，另一方面要将构建获得的最小生成树同已有数据进行比对，保证分型结果的一致性。严格的确认流程，保证了核心基因集合最终结果的权威性和可靠性。

2.1MLST分型在线分析网址：

2.1.1https://cge.cbs.dtu.dk/services/MLST/

2.1.2 https://pubmlst.org/，相关教程见pubmlst：一个用于分型的热门网址

2.2 在线分析网址:https://cge.cbs.dtu.dk/services/cgMLSTFinder

目前只能分析下列6种物种：Campylobacter,Clostridium, Escherichia coli,Listeria, Salmonella, Yersinia

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