新型SARS-COV-2 RNA依赖性RNA聚合酶抑制剂的研究

摘要：RNA聚合酶是病毒生命周期中关键的酶，为开发出针对COVID-19的特异性抑制剂。我们描述了基于结构的药物设计(SBDD)方案，用于设计SARS-COV-2 RNA依赖性RNA聚合酶的新型潜在抑制剂。首先，从蛋白质数据库PDB ID 数据库中获得酶的晶体结构(7bv2)。然后，使用Discovery Studio 2016中的基于片段的药物设计(FBDD)方法。使用合适的link将五个最佳生成的片段链接在一起，设计出了化合物MAW-22。并通过实验证明，MAW-22具有抑制SARS-COV-2 RNA依赖性RNA聚合酶的巨大潜力。
MCSS (Multi-Copy Simultaneous Search)作为一种片段对接的方法，可以被用来分析靶标结构中配体结合位点的特性。采用此方法，分子片段先被随机放置在结合位点中，然后程序采用CHARMm对这些随机片段进行能量优化以找到最适的片段位置。片段采用独立的MCSS_Score来打分和排序。
LUDI是从头药物设计方法之一，使用LUDI来发现新的具有潜在活性的化合物，并允许对已有的化合物进行

新型SARS-COV-2 RNA依赖性RNA聚合酶抑制剂的研究最先出现在Python成神之路。