肠道菌群的孟德尔随机数据下载

今天给大家介绍一下肠道菌群的孟德尔随机的数据库的下载以及数据库里面数据的情况

细菌的分类包括：界门纲目科属种

目前孟德尔随机里面用得最多的肠道菌群的数据库是MiBioGen

网址是：https://mibiogen.gcc.rug.nl/

点开网址之后的数据是可以直接下载的。

这个最大的肠道菌群的公共数据库里面提供的数据包括：界门纲目科属，没有到达“种”这个层次。不过里面的数据已经足够写论文用了。

因为没有使用宏基因组的测序，所以细菌的分类层级不能到达“种”这个级别。其中genus这个层级就是属“”这个层级，下载下来解压后是131个菌属，但是其中有12个菌属的unkown,所以真正能用的实际上就是131-12=119个菌属。这也就是为什么我们平时看到文献里面，用MiBioGen数据库里面的genus层级，一般只有119个用于分析。数据库里面的“界门纲目科属”这几个层级的数据都可以用于数据分析，其中界里面的文件数最少，属里面的文件数最多。如果希望做孟德尔的时候工作量少一点的话，可以用界这个层级的来进行分析，不过界这个层级太宽泛了，所以可能不太容易得出比较确切的细菌和疾病因果关系的结论，毕竟细菌名称越明确，临床上的指导意义更大。PUBMED里面，所有肠道菌群的孟德尔分析中，genus这个层级是用得最多的。