基本概念

筛选平台：

芯片，测序（多，DNA和RNA)，质谱（蛋白质）

genecard，NCBI

启动子：UCSC,JASPAR

分子修饰：

DNA：C甲基化，可在启动子/组蛋白等，封闭转录

RNA：甲基化，调节各种功能。A→I突变

蛋白质：甲基化/乙酰化（主要在组蛋白，调节基因表达），磷酸化，糖基化，泛素化（调节蛋白质半衰期）等等。

可进一步研究修饰对表型的影响。

甲基化：

CpG岛、甲基化和去甲基化过程中的酶以及甲基化特异性检测方法。

非编码RNA：

miRNA：

miRNA：单短链可直接合成，保守；只需要 qPCR 验证，不需做 Western，简化工作量；质粒转染无需病毒；一般作用于靶基因的 3’-UTR引起下游靶基因表达沉默。

miRNA 结合靶基因的验证只有一个经典实验——荧光素酶报告基因实验（Luciferase Assay）。已知 miRNA ，用现成的数据库，只需要在几个数据库中输入 miRNA 名称，获得的靶基因预测结果取交集，Luciferase Assay 验证成功其中一个靶基因。

最初转录出来的 miRNA 有几百个甚至几千个碱基长，称为初级转录产物（primary miRNA，pri-miRNA），pri-miRNA 经过二次剪切加工产生约 70-90个碱基的 miRNA 前体(miRNA precursor，pre-miRNA)。加工初级转录产物到前体的核酸内切酶是 Drosha，这一步发生在细胞核内。miRNA 前体转运到胞浆再被 Dicer 酶切产生 miRNA成熟体。这一点类似于 shRNA，shRNA 加工成 siRNA 和 miRNA 前体加工成成熟体用的是同一套细胞内部机制。成熟的 miRNA 分子跟一个或多个 mRNA分子不完全匹配的互补结合，下调基因的表达。

查 miRNA 的权威数据库是 miRBase；查序列，用 NCBI 的 Gene、Nucleotide 数据库。预测 miRNA 靶基因方面最权威的数据库是 Targetscan。

miRNA 过表达专用名词叫 mimics（模拟物），沉默叫inhibitor。

LncRNA：

查 lncRNA 序列的权威数据库叫 Noncode。自己筛到的 lncRNA，之前没有人报道过，做研究的时候就要先进行序列分析，证明它不编码蛋白。

核定位的 lncRNA 用 RNAi 做，可能效果很差，因为 RNAi主要在细胞浆发挥作用。替代的方式是用现在很流行的 CRISPR 基因编辑技术，直接把lncRNA 的基因给 knockout 掉