系统性文献综述工具总结（持续汇总中）

大概内容：首先简要介绍一下常用的一些框架及标准，其次参照PRISMA以及SPAR-4-SLR，从searching, screening, data management /analysis 三个维度介绍一些方便的工具。

参照：
Tools (ioe.ac.uk)
Software and Tools - Systematic Reviews - LibGuides at Lancaster University
Text mining for searching and screening the literature - Guides at McGill Library

0. Protocol/framework

这个在我的一篇公众号文章中 如何写文献综述: 概念 分类及规则 中提到了一些常用的，比如

• PRISMA ( Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses), 提供了一系列的checklist及可供研究者自行创造流程图： PRISMA Flow Diagram (shinyapps.io). 还有一些extension.

• PICO Framework. Population - Characteristics of the population or sample; Intervention - Treatment or exposure being studied; Comparison - Alternative treatment or exposure as control; Outcome - Results or endpoints measured.

• Cochrane Library. 提供了很详细的handbook来操作SR，常用于healthcare.

• EPPI-Centre. Developed by the Evidence for Policy and Practice Information Centre

• SPAR-4-SLR. Structured Procedure for Aiding the Reproduction of Systematic Literature Reviews. Business, social 可考虑

• Campbell Collaberation.

• ADO. Antecedents, Decisions, and Outcomes framework. Paul and Benito (2018)

• ROSES pro forma and flow diagram. RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses, 常用于环境科学。ROSES Flow Chart (shinyapps.io)

1. Searching/Identification

关键在于 定义研究概念 -> 确定研究问题 -> 计划搜索策略

对于领域尚在发展 或没有什么已定的terminology, ontology, model, dictionaries 的情况下，最好是LLM (NLP) 进行 search keywords 的 探索性搜索 （当然，要基于较为完整的理论知识）。

• SR-Accelerator. 可识别 n-gram

• AntConc, 可n-gram, 聚类，常用场景是已识别出高频词后 为了增加搜索的precision (如用在SR-Accelerator之后）

• Termine. 比较old了，不大推荐使用

• LitSearchR, 综合了RAKE keyword frequency/n-gram, grouping, network analysis 等的R package. 有提供shiny界面，但shiny会受限于上传文件的默认大小 (5MB)。

• Yale MeSH Analyzer. 依旧适用于MeSH terms 也就是医学主题词, 受限于MeSH database.

• PubMed PubReMiner: a tool for PubMed query building and literature mining (amc.nl) 适用于pubmed的搜索，免费

• Ananse. 参考 An automated method for developing search strategies for systematic review using Natural Language Processing (NLP) - ScienceDirect，用了litsearchr 类似的techniques

2. Screening

这里的screening包含 semi-automation screening tool, 以及方便统一管理进行screening, inclusion & exclusion 的软件。

• Abstrackr semi-automated, 注册后免费使用

• Screenatron

• ASReview，半自动化screening process, 用的是主动学习，可下载portable

• SWIFT-Review. Uses statistical text mining and machine learning to rank order documents in the screening process

• revtools | An R package for screening in evidence synthesis projects

• DistillerAI Paid (free for librarians; contact them directly)

• Covidence. free for Cochrane authors and fee-based for others

• Rayyan. completely free tool，相对covidence来讲，没有prescribed workflow，

• EPPI-Reviewer. knowledge synthesis. Paid (free for Cochrane collaborators).

3. Data management/analysis

包括文献管理、后续分析、报告、描述、可视化等等。

文献管理自然是诸如 endnote, mendely, zotero 之类的，可以实现remove duplicates, unify, bulk export 等等

分析自是可以根据自己需求，做SR SLR, 文献分析，文本分析等等，描述报告方式根据方法不同略有差异

可视化可使用之前介绍过的一些知识图谱/网络的方法，可用工具或者python, R 等实现，这里不赘述。

• Atlas.ti

• PredicTER

• EPPI Reviewer