转录组和蛋白组学比较淋巴结与肿瘤沉积区别

背景说明：

肿瘤不只原发灶与癌旁，还有很多其他位置的病理组织，比如淋巴结转移，以及周围肿瘤细胞的聚集体（非原发灶）。肿瘤细胞聚集体的重要性比不上原发灶，但也应该要考虑研究的。本研究收集结直肠病人淋巴结转移位置与肿瘤细胞聚集体的标本进行空间组学分析（一块组织分割多个小块，分别做组学）。

实验设计：

转录组：涉及10个病人，每个病人都有淋巴结转移与肿瘤细胞聚集体两类组织， 这两类组织分割多点取样。

蛋白组：涉及12个病人（跟转录组不是同一批病人），取样方法同转录组

分析结果：

思考：从实验设计看，数据只有2个组，一个淋巴结转移一个肿瘤细胞聚集体。正常思路是二者做差异分析，找差异基因，功能富集探讨二者区别。我们看看文献都做了什么...

1. 转录组比较淋巴结转移与肿瘤细胞聚集

    对两类组织做转录组的差异分析，得到top100个差异基因，对该100基因，约50+样本数据（多点分割）进行聚类以探讨这些样品的大致模式。没有提到癌旁，可以用细胞角蛋白阳性（代表肿瘤）和细胞角蛋白阴性（代表癌旁/肿瘤微环境）。（思考：人为划分出来了癌与癌旁，数据变成了四个组，淋巴结癌与癌旁，肿瘤聚集物癌与癌旁）

A：淋巴结转移（LNM)与肿瘤细胞聚集物(TDs)的聚类热图，肿瘤组分成3个群，发现1，2群两类主要是淋巴结转移，但3群，更倾向于富集到肿瘤细胞聚集物标本，说明肿瘤细胞聚集物有明显的独立的基因表达特征。癌旁组织（TME）的聚类分析，分成2个群，也说明淋巴结转移与肿瘤细胞聚集物明显不同。

B：火山图。C：GSEA富集分析展示上下调通路。提示淋巴结里免疫细胞和炎症信号传导功能增强，而肿瘤细胞聚集物里基质重塑、细胞运动以及MET和PDGF信号增强。

（思考：4个组，拆成2个图展示，分亚群，展示差异基因及通路，分亚群前提是样本量大一些，很多文章会对每个亚群展开讨论基因和通路）

2. 蛋白组比较淋巴结转移与肿瘤细胞聚集

  对两类组织做蛋白组的差异分析，得到top100差异蛋白，对该100蛋白做热图聚类。获得亚群信息，并展示热图，通路富集。（思考：方法同转录组，区别在于没有对肿瘤与癌旁分开展示，估计是蛋白样本量不够大，图分开很难看）

A：分亚群，Cluster1更多肿瘤聚集物标本，Cluster2更多淋巴结转移标本，Cluster3两者都有。

B:热图，C通路图；D图:挑了一个EMT通路做热图展示（思考：图不够的时候，惯用伎俩，选某个功能基因集热图展示）。

此处还挑了基因做免疫组化验证：比如SFPR2

3. 免疫浸润分析（细胞类型占比）

多种细胞类型在淋巴结转移与肿瘤细胞聚集物是不同的。肿瘤细胞聚集物中有更多的

成纤维细胞、巨噬细胞和调节性T细胞组成。

4. HE染色病理分析（探讨病理特征在淋巴结和肿瘤细胞的不同）

此处，研究病理的更懂，不做更多探讨（因为看不懂）

全文思考：1，本研究使用两个组学比较两类组织的区别（淋巴结转移和肿瘤细胞聚集物），转录组引入癌旁，蛋白组未引入。

2. 转录组与蛋白组之间没有较多的比较分析，比如交集基因有多少，正相关的基因多少，负相关的基因多少，差异有多大（猜测：可能是并不是同一批样品，会有数据不严谨的问题）

3. 组学聚类分析，差异分析，功能分析，细胞比例分析，以及病理片子分析，并做了一些基因的验证。总体上是偏数据描述。

4. 组学图还是挺好看的，值得学习。

原文来源：

Brouwer, N.P., . (2023), Transcriptomics and proteomics reveal distinct biology for lymph node metastases and tumour deposits in colorectal cancer. J. Pathol.. https://doi.org/10.1002/path.6196

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