代谢组
今天来实验室,看到桌面上的测序公司的册子。想想人家公司也是花了不少时间和精力整理的东西,那就看一看吧。于是把关注的点总结在这里了。
1 概念
(1)代谢组(metabolome)是基因足的下游产物也是最终产物。
功能:一些参与生物体新陈代谢(并非都好)、维持生物体正常生长功能的生长发育(似乎都好的)的小分子化合物的集合。
大小:主要是一群相对分子量为50~1500Da的内源性小分子。
(2)代谢组学(metabonomics/metabolomics)是通过考察生物体系(细胞、组织或生物体)受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的一门科学。
简而言之,检测生物体变化的下游分子。
#仪器设备暂不具体说明,但还是简要说明以下吧
2 质谱在代谢组研究中的应用
(1)质谱(MS,测质荷比)
(2)质谱分析之气那要进行分离(气相色谱、液相色谱和毛细管电泳)
GC-MS 适合极性较小的
LC-MS 适合极性较大的
NMR 精度高,对样本限制少,不破坏样本
3 代谢组数据库
公司所有的产权吧
4 代谢组学分类
(1)非靶向代谢组:通过液质或气质联用方法检测生物体受外界刺激前后大量代谢物的动态变化,进而阐明生物体代谢相关过程的与生物体特征的代谢组学技术。【1000DA以下的内源性小分子代谢物】
八类:烷类、芳烃类、烯类、卤烃类、酯类、醛类、酮类和其他。
挥发性有机化合物:烃类、卤代类、氧烃、氮烃。
(2)靶向代谢组:以标准品为参照,对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。LC-MS 液质联用 以及选择性/多反应检测技术(MEM/SRM)【有啥测啥】
技术原理:常规分析法首先利用LC-MS对待分析样本进行大规模代谢组分析,然后通过与相同分析条件下标准品的分析结果进行比对,实现对样品内目标代谢群的定性和定量分析。
包括:脂质代谢、短链脂肪酸靶向、游离脂肪酸靶向、氨基酸靶向、能量代谢物质靶向、神经递质靶向、植物激素靶向、动物激素靶向、胆汁酸靶向、有机酸靶向、维生素靶向、动物广泛靶标代谢组、植物广泛靶标代谢组。
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