ChIA-PET/HiChIP/PLAC-seq
ChIA-PET (Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing):
ChIA-PET是一种可以全基因组范围内检测蛋白质介导的染色质间互作的技术。它首先进行染色质免疫沉淀，然后进行邻近连接，这是它与HiChIP和PLAC-seq的一个主要区别。然而，ChIA-PET需要较高的测序深度和输入材料，这可能会增加实验成本和难度。
HiChIP (High-throughput Chromosome Conformation Capture):
HiChIP是一种结合了Hi-C和ChIP-seq的技术。与ChIA-PET不同，HiChIP首先进行邻近连接，然后进行染色质免疫沉淀。此外，HiChIP使用Tn5酶自带的接头进行建库，这与PLAC-seq的建库方式也有所不同。与ChIA-PET相比，HiChIP具有更低的成本、更高的敏感性、更低的细胞起始量、以及更低的测序要求。
PLAC-seq (Proximity Ligation-assisted ChIP-seq):
PLAC-seq是一种采用接近连接辅助ChIP-seq的技术。PLAC-seq的实验步骤与HiChIP相似，但在建库步骤中，PLAC-seq是通过末端修复、加A尾、再加接头的方式进行的，这与HiChIP的建库方式不同。PLAC-seq也具有更高的灵敏度和特异性。
这三种技术都适合研究转录调控元件之间的相互作用，如增强子-启动子，增强子-增强子之间的互作。而Hi-C等技术则是更适合从compartment、TAD、loop这几个层次探讨染色质层级结构。
ChIA-PET、HiChIP和PLAC-seq三种技术步骤的表格：
| ChIA-PET | HiChIP | PLAC-seq | |
|---|---|---|---|
| 全称 | Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag sequencing | in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation | Proximity Ligation-Assisted ChIP-seq |
| 交联 | 甲醛交联DNA和蛋白质 | 甲醛交联DNA和蛋白质 | 甲醛交联DNA和蛋白质 |
| DNA片段化 | 超声获得DNA片段 | 原位限制性内切酶消化 | 原位限制性内切酶消化 |
| ChIP富集 | ChIP富集DNA和蛋白质复合物 | 未进行 | 未进行 |
| 末端标记 | DNA片段末端连接包含MmeⅠ识别位点的生物素寡核苷酸linker | 生物素末端标记 | 生物素末端标记 |
| 邻近连接 | linker邻近连接 | 邻近连接 | 邻近连接 |
| 核裂解 | 未进行 | 核裂解 | 核裂解 |
| 超声shear DNA片段 | 未进行 | 超声shear DNA片段 | 超声shear DNA片段 |
| 免疫共沉淀 | 未进行 | 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀 |
| 解交联 | 未进行 | 解交联 | 解交联 |
| 纯化DNA | 未进行 | 纯化DNA | 纯化DNA |
| 生物素片段pull-down | 未进行 | 生物素片段pull-down | 生物素片段pull-down |
| 建库测序 | MmeⅠ酶消化得到DNA片段，提取PET建库测序 | Tn5建库测序 | 建库测序 |
共有 0 条评论