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下載數據:

GEO Home - GEO - NCBI

TCGA UCSC Xena


分析:

DVAID數據庫 GO或KEGG分析 DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis

STRING 蛋白互作網絡 STRING: functional protein association networks

genecards 尋找相關基因 Account - GeneCards Suite (不知道為什麼Firefox好像登入不了,Chrome可以)


教程:

DVAID數據庫

DAVID数据库简介及使用说明 - 简书

lasso 建模

生信星球 用lasso回归构建生存模型+ROC曲线绘制

生信补给站 RNAseq|Lasso构建预后模型,绘制风险评分的KM 和 ROC曲线

相關性(皮尔逊、Spearman、肯德尔)

散點圖 生信摆渡 相关性分析 | R语言 -- 两个变量的相关性分析

熱圖 基迪奧生物 6种相关性热图的绘制方法

GO、KEGG、GSEA

蜡笔生信菌 R语言一站式解决GO+KEGG+GSEA联合分析(内附示例脚本)


常用資料:

TCGA 癌症簡稱對照 TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照 - 简书

信號通路 信号通路专题:信号通路扫盲贴,看别人如何利信号通路发Nature - 知乎

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