生信分析26：对LTR-RTs构建进化树

本次推送是文献分享26的对应内容。

我与生信，公众号：我与生信文献分享26：优质牧草羊草的基因组演化与育种

Fig 1

Fig 2

Fig 3

在本文中，作者提取了完整的LTR-RTs序列，然后基于RT结构域构建了LTR-RTs的系统发生树（Fig 1-3），发现Copia和Gypsy是两个独立的超家族，Gypsy有六个主要分支，Copia有八个分支。Gypsy的成员较多（27,661个成员），而Copia的成员较少（10,644个成员），这与Gypsy经历了两次爆发，而Copia只经历了一次爆发一致。

今天的推送介绍对LTR-RTs的建树流程。

01 LTR注释并提取完整的LTR序列 

Fig 4

转座子注释可参考生信分析22：完整的转座子注释流程。

我与生信，公众号：我与生信生信分析22：完整的转座子注释流程

在最后的注释结果genome.fa.mod.EDTA.final文件夹下，由于该分析需要使用完整的LTR-RTs序列，所以先要获得完整LTR-RTs的ID，可以从genome.fa.mod.EDTA.intact.gff3文件获取（Fig 4）。

02  LTR再进一步分类

Fig 5

Fig 6

由于之前的注释结果只说明了是Copia还是Gypsy，没有进一步的分类，所以第二步可以用TEsorter软件进行进一步的分类（Fig 5），输出结果为Fig6。

03  提取RT结构域

Fig 7

Fig 8

LRR-RTs最核心的结构就是编码逆转录酶的RT结构域 (reverse transcriptase domain, Fig 7)，由于其更保守，所以常用来用作构建进化树。通过Fig8 的命令可以提取RT的序列信息。

04 多序列比对后建树

Fig 9

多序列比对后建树（Fig 9），最后导出树文件可以用ITOL或evolview美化。

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