液相分子杂交探针设计

探序基因肿瘤研究院  探序基因分子生物学实验室 整理

使用心得

一般设计长度是120bp，生物素修饰，5‘端修饰。如果做测试的话，可以只设计几条，但价格会比较贵，可能1条要一百元左右。单条探针有最低浓度要求，比如几pmol。合成引物/探针可以考虑：生工。

作者订购的是生工的探针，加了生物素修饰，先按说明书加水3.5ul稀释成保存液的浓度，10nM。实际捕获时，用不了很多探针。作者再抽取1ul探针保存液，加水999ul，稀释成工作液的浓度，浓度是大约每根探针10fmol/ul。

如何针对感兴趣的人基因组区域设计液相捕获探针？

以设计人的DNA的捕获探针为例，可以自己在linux服务器上，读取感兴趣区域的参考基因组序列信息，也可以到ucsc genome browser等在线网站的基因组浏览器查找序列信息

设计原则：

1. GC含量不适过高

2.不要连续太多的重复序列

3. 长度120bp

确定最终的探针：

挑选好序列后，要将各条探针比对到人参考基因组上，如果有些探针能比对到多个位置，说明这条探针不好，要剔除掉，再重新选定序列区域来替换。