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  • 鼠须管(Rime Squirrel)——macOS下的神级输入法
    杂文

    鼠须管(Rime Squirrel)——macOS下的神级输入法

    今天非常开心,因为淘到一款很哇噻的中文输入法,今后终于可以开心地码字了。 输入法之痛 最近,我增加了博客的文字输出量,每一篇都写得呕心沥血。为什么呢?……
    siwei 2023-12-22
  • 「基因组」compleasm评估基因组busco
    杂文

    「基因组」compleasm评估基因组busco

    2023年10月3日李恒课题组在Bioinformatics在线发表了compleasm: a faster and more accurate reimplementation of BUSCO的文章。公众号最近有人推这篇文献,才……
    zhangchen 2023-12-22
  • ADNI多模态神经影像整理笔记
    杂文

    ADNI多模态神经影像整理笔记

    目标:将ADNI下载的多模态格式影像转为BIDS存储格式的NIFTI文件 环境:Ubuntu 2020 工具包: 1. 下载影像 官网:https://ida.loni.usc.edu/login.jsp 注册账号……
    cc 2023-12-07
  • Keymap: caps绑定ctrl、tab配合移动、esc自动切换输入法中英文
    杂文

    Keymap: caps绑定ctrl、tab配合移动、esc自动切换输入法中英文

    痛点 经常使用vim,喜欢用hjkl进行移动操作。ctrl不容易按到,所以绑定到不常使用的大小写锁定键。 在使用笔记和编程软件如 obsidian 和 vscode时配置了vim的……
    siwei 2023-11-30
  • MCMCtree计算分化时间
    杂文

    MCMCtree计算分化时间

    目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast,beast2,r8s,paml的mcmctree,还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。目前呢,我是尝试使用了bea……
    cc 2023-11-30
  • 基因组组装拼接
    杂文

    基因组组装拼接

    基因组组装是指将分散的DNA序列片段(测序读段)按照其在基因组中的真实顺序重新拼接成完整的基因组序列的过程。基因组组装是基因组学研究的关键步骤之一,它……
    admin 2023-11-29
  • 基因组组装拼接
    杂文

    基因组组装拼接

    基因组组装是指将分散的DNA序列片段(测序读段)按照其在基因组中的真实顺序重新拼接成完整的基因组序列的过程。基因组组装是基因组学研究的关键步骤之一,它……
    玉兰 2023-11-29
  • R语言分析5:TMB分型
    杂文

    R语言分析5:TMB分型

    肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden, TMB),指肿瘤细胞基因组中,基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入或缺失突变的总数。从理论上来说,高TMB(……
    Alex 2023-11-26
  • 群体遗传研究——变异注释–snpEff和ANNOVAR
    杂文

    群体遗传研究——变异注释–snpEff和ANNOVAR

    snpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库(ensembl的库) 查询对应物种的数据库 java -jar /home/sll/software/snpEff/snpEff.jar databases | gre……
    ht 2023-11-17
  • 参考基因组详解
    杂文

    参考基因组详解

    探序基因肿瘤研究院  整理 Ensembl网站: https://asia.ensembl.org/index.html 下载参考基因组: 人:http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapie……
    ht 2023-11-17