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鼠须管(Rime Squirrel)——macOS下的神级输入法
今天非常开心,因为淘到一款很哇噻的中文输入法,今后终于可以开心地码字了。 输入法之痛 最近,我增加了博客的文字输出量,每一篇都写得呕心沥血。为什么呢?…… -
「基因组」compleasm评估基因组busco
2023年10月3日李恒课题组在Bioinformatics在线发表了compleasm: a faster and more accurate reimplementation of BUSCO的文章。公众号最近有人推这篇文献,才…… -
ADNI多模态神经影像整理笔记
目标:将ADNI下载的多模态格式影像转为BIDS存储格式的NIFTI文件 环境:Ubuntu 2020 工具包: 1. 下载影像 官网:https://ida.loni.usc.edu/login.jsp 注册账号…… -
Keymap: caps绑定ctrl、tab配合移动、esc自动切换输入法中英文
痛点 经常使用vim,喜欢用hjkl进行移动操作。ctrl不容易按到,所以绑定到不常使用的大小写锁定键。 在使用笔记和编程软件如 obsidian 和 vscode时配置了vim的…… -
MCMCtree计算分化时间
目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast,beast2,r8s,paml的mcmctree,还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。目前呢,我是尝试使用了bea…… -
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R语言分析5:TMB分型
肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden, TMB),指肿瘤细胞基因组中,基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入或缺失突变的总数。从理论上来说,高TMB(…… -
群体遗传研究——变异注释–snpEff和ANNOVAR
snpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库(ensembl的库) 查询对应物种的数据库 java -jar /home/sll/software/snpEff/snpEff.jar databases | gre…… -
参考基因组详解
探序基因肿瘤研究院 整理 Ensembl网站: https://asia.ensembl.org/index.html 下载参考基因组: 人:http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapie……