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  • Keymap: caps绑定ctrl、tab配合移动、esc自动切换输入法中英文
    杂文

    Keymap: caps绑定ctrl、tab配合移动、esc自动切换输入法中英文

    痛点 经常使用vim,喜欢用hjkl进行移动操作。ctrl不容易按到,所以绑定到不常使用的大小写锁定键。 在使用笔记和编程软件如 obsidian 和 vscode时配置了vim的……
    siwei 2023-11-30
  • MCMCtree计算分化时间
    杂文

    MCMCtree计算分化时间

    目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast,beast2,r8s,paml的mcmctree,还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。目前呢,我是尝试使用了bea……
    cc 2023-11-30
  • 基因组组装拼接
    杂文

    基因组组装拼接

    基因组组装是指将分散的DNA序列片段(测序读段)按照其在基因组中的真实顺序重新拼接成完整的基因组序列的过程。基因组组装是基因组学研究的关键步骤之一,它……
    admin 2023-11-29
  • 基因组组装拼接
    杂文

    基因组组装拼接

    基因组组装是指将分散的DNA序列片段(测序读段)按照其在基因组中的真实顺序重新拼接成完整的基因组序列的过程。基因组组装是基因组学研究的关键步骤之一,它……
    玉兰 2023-11-29
  • R语言分析5:TMB分型
    杂文

    R语言分析5:TMB分型

    肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden, TMB),指肿瘤细胞基因组中,基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入或缺失突变的总数。从理论上来说,高TMB(……
    Alex 2023-11-26
  • 群体遗传研究——变异注释–snpEff和ANNOVAR
    杂文

    群体遗传研究——变异注释–snpEff和ANNOVAR

    snpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库(ensembl的库) 查询对应物种的数据库 java -jar /home/sll/software/snpEff/snpEff.jar databases | gre……
    ht 2023-11-17
  • 参考基因组详解
    杂文

    参考基因组详解

    探序基因肿瘤研究院  整理 Ensembl网站: https://asia.ensembl.org/index.html 下载参考基因组: 人:http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapie……
    ht 2023-11-17
  • seurat对象处理
    杂文

    seurat对象处理

    Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。seurat对象的处理是分析的一个难点,这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些操作,有不足或者错误的……
    dingding 2023-11-13
  • 好用的工具整理
    杂文

    好用的工具整理

    Windows版: 1.屏幕录制软件:ApowerREC 2.Windows端视频播放器:Potplayer 3.抓包工具:charles 4.邮箱客户端:foxmail 5.vpn软件:EasyConnect(深信服)、Hi……
    感冒的梵高 2023-11-08
  • 全基因组 – 人类基因组变异分析(PacBio) (3)– pbmm2
    杂文

    全基因组 – 人类基因组变异分析(PacBio) (3)– pbmm2

    一. 长读段比对 (Long-Read Mapping)常用的比对软件 长读段比对算法与一代/二代测序数据的比对算法有很大的不同,因为长读段通常更长、包含更多错误和变异,并……
    倾城 2023-11-08