Cell子刊发表基因集泛癌纯生信，基因集泛癌生信大有可为！

影响因子：6.17

关于基因集泛癌分析的文章，我们最近也解读过很多

目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以联系小编进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。
研究概述：Tetraspanins(TSPANs)是一类四跨膜分节蛋白。TSPAN的确切功能及其在泛癌中的作用尚不清楚。在本研究中，我们分析了24个TSPAN1家族基因与33种肿瘤类型的多个TCGA样本的肿瘤特征的关系。对24个TSPAN家族基因进行了基因差异表达、免疫亚型分析、临床分析、stemness指数分析、药敏分析、变异分析和多组学验证等多维度研究。TSPAN15和TSPAN1在癌症中的潜在作用值得进一步关注。

研究结果：

一、关键基因的差异共表达分析

1、首先分析了24个TSPAN家族基因的表达情况，并采用Wilcox检验检测24个TSPAN家族基因在肿瘤和邻近正常样本之间的差异表达。（图1A-D）

2、共表达网络分析显示TSPAN15和TSPAN13、TSPAN15和TSPAN1、TSPAN15和TSPAN32存在相互作用。（图1E）

二、临床相关分析

1、对33个TCGA肿瘤中的24个TSPAN家族基因进行了K-M分析，TSPAN15的高表达与较差的预后显著相关。LIHC患者预后不良与TSPAN15基因低表达低相对应。LIHC中TSPAN15在肿瘤组织中的表达水平高于癌旁正常组织。（图2A-F）

2、对数据进行了Cox回归分析发现，在大多数癌症类型中，TSPAN4、TSPAN12、TSPAN15和TSPAN17具有显著的泛癌特性和HR > 1。

3、在BRCA中，TSPAN15的表达与TNM分期相关，在STAD的TSPAN2、TSPAN32和COAD的TSPAN18上也有相同的表达情况。（图3）

三、泛癌中TSPANs家族与肿瘤突变负荷的相关性、免疫亚型分析

1、SKCM、LUSC、LUAD等基因的TMB值相对较高，Spearman相关分析显示THYM与TMB广泛正相关。（图4）

2、Kruskal-Wallis检验分析6个免疫亚型中24个TSPAN家族基因的mRNA差异表达水平。在LIHC、LUAD、SARC和SKCM中，TSPAN家族基因在6种免疫亚型中的表达有显著差异。（图5）

四、泛癌中的干性指标及肿瘤微环境分析、药物敏感性分析

1、在DNAss中，TSPANs家族基因的TSPAN13, TSPAN18与TGCT、OV强显著正相关，在OV中，TSPAN11、TSPAN2、TSPAN5负相关，在TGCT中TSPAN11、TSPAN2、TSPAN5负相关。（图6A）

2、对于RNAss，TSPAN2、TSPAN4、TSPAN9、TSPAN11、TSPAN18的表达与BRCA、ESCA、COAD、PCPG、PRAD、PAAD、TGCT、THYM等多种肿瘤类型呈负相关（图6B）

3、Spearman分析显示，TSPAN2，TSPAN4，TSPAN9，TSPAN11，TSPAN18与几种肿瘤类型正相关（图6C）

4、图7显示了BRCA、COAD、HNSC、LIHC中TSPAN家族基因与基质评分、基质评分、免疫评分、估计评分、干性指数的相关性。

5、TSPAN1与AZD-9291的敏感性呈正相关。TSPAN15与kahalalide f的敏感性、卡莫司汀的耐药性（p < 0.001）呈正相关。（图8）

五、TSPANs家族相关信号通路的改变、ATAC-seq验证、单细胞测序验证

1、图10中展示了WNT通路的变化图；WNT路径的改变显示，UCEC的cn低亚型位居榜首，CTNNB1是肿瘤中最常见的突变基因（图9）

2、ATAC-seq的结果显示，在有多个细胞系的患者中，这些生物标记物的染色体位置的染色质区域是开放的。

研究总结：本研究讨论了TSPANs的转录表达与TCGA肿瘤特征之间的相关性，其中包括临床意义、免疫亚型、药物敏感性、干性指标和微肿瘤环境。TSPAN家族基因对癌症的发展有显著影响。33个肿瘤中TSPAN基因表达水平不同，而TSPAN高、低基因表达组在生存分析中显示出不同的生存结果。广泛的TSPAN家族基因表达促进了TSPAN家族基因，并广泛参与了肿瘤的进展。