单细胞简易分群-各种细胞marker基因

探序基因肿瘤研究院整理

T细胞：

CD3D，CD3E，CD4，CD8A，CD8B

还有注意γδT细胞

Treg：

CD4，FOXP3

B细胞：

CD79A,CD79B

DC细胞：

cDC1（human：XCR1+ CLEC9A+ CD141+）：交叉递呈抗原给CD8+T细胞，

cDC2（CD11b+ SIRPα+ CD1c+）：激活CD4+ T 细胞和CD8+T细胞。

浆细胞样DC （plasmacytoid DC，pDC）（CD123+ CLEC4C+.）

参考：

肿瘤浸润DC的表型和功能差异

人DC细胞marker

NK细胞：

CD56(NCAM1)，CD16(FCGR3A)

人类NK细胞表面标志主要以CD16、CD56来认定。目前多以CD3-、CD16+、CD56+作为NK细胞典型标志。

FGFBP2, FCG3RA, CX3CR1（有些文献使用这些marker）

巨噬细胞：

CD68/CD163等。M1和M2型不太好分，更多marker可以参照赛默飞网站写的说明。https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/cell-analysis/cell-analysis-learning-center/immunology-at-work/macrophage-cell-overview.html

内皮细胞：

VWF，FCN3，DNASE1L3，

免疫细胞：

PRPTC

上皮细胞：

EPCAM

成纤维细胞：

FGF7, MME, DCN,LUM, GSN，DCN,ACTA2,FAP,PDGFRA

肌成纤维： MMP11、POSTN、CTHRC1、COL1A1、ACTA2 和 COL3A1（参考：https://www.cn-healthcare.com/articlewm/20230822/content-1595535.html）

Fibroblasts were identified by their archetypal markers LUM, DCN, VIM, PDGFRA, and COL1A2 (参考：https://www.jianshu.com/p/5a1b1283b52e?utm_campaign=haruki)

项目文章 | 单细胞技术绘制结肠粘膜成纤维细胞图谱(参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU5NjYzMzA4MA==&mid=2247534049&idx=1&sn=4bce0394aa9dcb0a0fe56b9d77a2cd37&chksm=fe5db176c92a3860b5987e49dfaf47981cdd49521aa529f31c33118f0c11fee6b626bd5e83f6&scene=27)

HSC(hematopoietic stem cells)：

黑色素肿瘤细胞：

Tumor cells were identified using MLANA, MITF,and DCT. Tumor cells were further divided into subgroups by expression of PRAME and GEP genes("Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma")