Ribo-seq：检测正在翻译的mRNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁

技术原理

蛋白质是生命活动的主要承担者，翻译调控又是细胞内重要的调控方式。翻译是核糖体读取mRNA模板来指导蛋白质合成的过程，是基因表达的关键步骤。翻译的过程受到严格的调控，很多疾病与翻译异常相关,比如神经退行性疾病、贫血症和发育障碍等。虽然核糖体的结构与功能研究的比较透彻，但是对于翻译过程的调控机理还需要深入研究。

核糖体印迹测序(Ribosome profiling, Ribo-seq)，能够详细检测体内的翻译状态。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的mRNA以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的mRNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析，可以计算出蛋白质的合成速率。

技术特点

Ribo-seq能够揭示蛋白合成的时间、地点、位置、哪些蛋白质正在被合成以及蛋白质合成的调控机制。Ribo-seq搭建了从转录组学到蛋白质组学之间的桥梁，已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。

应用方向

Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、ORF位置和蛋白质的翻译调控机制。

Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。总之，Ribo-seq能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况，获得正在翻译的mRNA序列信息并解析翻译调控机制。

蓝景科信优势

实验周期快、质量高、结果稳定可靠。

丰富的物种经验。

实验流程

分析内容

标准生信分析

（1）原始数据过滤与测序质量评估

（2）比对去除核糖体RNA、tRNA、sRNA等

（3）Reads长度分布统计与长度过滤

（4）比对参考基因组

（5）测序饱和度分析

（6）RF在基因组上的分布统计与分类

（7）三碱基节律分析

（8）翻译基因统计与表达量分析

（9）样本关系分析

（10）组间差异翻译基因分析

（11）差异翻译基因的GO和KEGG功能富集分析

Ribo-seq与RNA-seq的联合分析

（1）翻译效率计算

（2）翻译效率与转录水平的关系分析

（3）翻译效率与转录水平的关联分析

分析流程

实验案例

送样要求

（1）细胞样本：建议送样量5×10^6-1×10^7个。

（2）动物组织样本：建议送样量≥300 mg。

（3）植物组织样本：建议送样量≥500 mg。

样本分组

至少2组样品，包括对照组和实验组，样本数建议：3 Vs 3。

参考文献

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