系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点（OncoKB）

作者，Evil Genius

大家还记得之前分享的一篇文章吗？单细胞、空间、外显子分析方法更新，利用单细胞的5’数据找到了单细胞级别的KRAS^G12D, 相当于多了一个组学信息，发到了nature，那么不知道大家想过没有，单细胞数据都可以找到那些有害突变呢？

单细胞/空间数据找突变的流程分享了很多次了，再分享一次

cellsnp-lite -s $BAM -b $BARCODE -O $OUT_DIR -R $REGION_VCF -p 20 --minMAF 0.1 --minCOUNT 20 --gzip

可以拿到单细胞级别的突变信息，下面是整理的单细胞 X 基因位置突变的矩阵（以单细胞3'数据为例）,row是基因 + 染色体 + 位置 + ref +alt，column是barcode。

至于单细胞/空间数据能够检测的突变范围早就分享过了，不再重复了。

关于OncoKB的介绍就不多说了，大家可以参考

外显子（wes）panel数据分析OncoKB注释

OncoKB数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息

NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总

那么我们如何知道我们的单细胞数据能不能做call snp呢？

也就是说，单细胞空间数据结合OncoKB又会有怎么样的表演呢？

在文章An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma中利用单细胞数据找到了KRAS^G12D单细胞级别的突变信息，那么对于其他的有没有更多的借鉴呢？

我们来看看OncoKB对于KRAS这个基因的信息（以结直肠癌为例，由于记录了260多条我们部分展示），数据是我爬虫下来的

那么我们如果做结直肠癌的单细胞数据，KRAS这个基因的突变，包括Q22E、G12T、G13V、G13S、G13H、L19F、G12D等突变都在单细胞数据的检测范围之内，那么做结肠癌的单细胞数据，这些突变信息就可以考虑进去，相当于单细胞数据多了wes数据，多一个组学，文章能多发10分。

所有的OncoKB的全癌种突变信息放在下面，有条件的可以拿去研究,下面是示例。

药物描述：西妥昔单抗和帕尼单抗是抗表皮生长因子受体（EGFR）的单克隆抗体，已获 FDA 批准用于治疗表皮生长因子受体表达型、RAS 野生型结直肠癌患者。携带 2 号外显子（如 G12、G13）或非 2 号外显子（如 Q61、K117、A146）KRAS 突变的转移性结直肠癌（mCRC）患者对抗表皮生长因子受体疗法西妥昔单抗（PMID: 21228335 , 20619739）或帕尼单抗 (PMID: 18316791, 20921465, 24024839)的反应不佳。
基因描述：KRAS G12D 突变位于蛋白质催化 G 域的 P 环。这种突变在肺癌、结直肠癌、胰腺癌和卵巢癌中均有发现（PMID: 28572459）。该突变在细胞系和小鼠模型中的表达表明，与野生型相比，该突变具有激活作用，表现为下游通路激活、集落形成和体内多系肿瘤发展的增加（PMID: 20570890, 20147967, 11751631, 15093544,19296721,17349581, 32792368）。体外研究表明，这种突变会使淋巴细胞对 BRAF 抑制产生抗药性，表现为在药物存在的情况下通路激活减少，但对 MEK 抑制剂 cobiMETinib 敏感（PMID: 30341394）。一位毛细胞白血病患者在使用 BRAF 抑制剂 vemurafenib 复发后出现了 KRAS G12D 突变，但使用 cobiMETinib 治疗至少 12 个月后获得了成功（PMID: 30341394）。对表达 KRAS G12D 的异种移植小鼠模型进行的临床前研究显示，治疗后肿瘤体积缩小，表明该患者对 ASP3082 的治疗敏感（Nagashima, et al. AACR 2023. ）。

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