AlphaFold 3-PyMOL可视化

1. 软件安装

AlphaFold 3分析网站(需要梯子和谷歌账号)：https://golgi.sandbox.google.com/about
PyMOL软件下载官网：https://pymol.org/
安装教程参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/628418429

2.AlphaFold 3预测

登录谷歌账号

输入序列：蛋白序列名称+序列，不能带其他符号，如果是经过序列比对，可能序列中包含“-”，需要删除。

粘贴序列

然后点击Continue就会进入分析，下方可以看到历史任务，任务名称也可以在后续修改。预测完成后点击任务名称查看结果，点击Download下载结果压缩包。

下载预测结果

对压缩包进行解压，里面包括的.cif文件作为PyMOL可视化的输入文件。

解压结果文件

打开PyMOL软件，选择：File——Open——选择.cif文件

打开PyMOL

导入后显示出蛋白结构，后续可以在PyMOL中进行编辑。
比如按照二级结构显示颜色：选择右侧的C按钮——By SS——选择配色

修改颜色

最终图片显示及保存为.png文件

按照二级结构显示蛋白结构

保存图片：File——Export Image As——PNG
选择透明背景：transparent background

保存图片