单细胞分析(Signac)： PBMC scATAC-seq 基因组区域可视化

引言

在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。

加载包

首先加载 Signac、Seurat 和我们将用于分析人类数据的其他一些包。

if (!requireNamespace("EnsDb.Hsapiens.v75", quietly = TRUE))
    BiocManager::install("EnsDb.Hsapiens.v75")

library(Signac)
library(Seurat)
library(EnsDb.Hsapiens.v75)

library(ggplot2)
library(patchwork)

绘制基因组区域

我们能够利用 CoveragePlot() 函数，根据细胞的聚类、细胞类型或对象中存储的任何其他元数据信息，绘制基因组特定区域内 Tn5 整合发生的频率分布图。这些图表呈现了一种模拟的批量可访问性轨迹，即组内所有细胞的信号被综合平均后，用来展示该区域 DNA 的可接近性（这一功能的灵感来源于 Andrew Hill 在其精彩博客文章中的分享）。除了展示可访问性轨迹，我们还可以在图表中加入其他重要信息，如基因注释、峰值坐标和基因组链接（如果这些信息已在对象中定义）。更多详细信息，请参阅可视化指南。

# set plotting order
levels(pbmc) <- c("CD4 Naive","CD4 Memory","CD8 Naive","CD8 effector","Double negative T cell","NK dim", "NK bright", "pre-B cell",'B cell progenitor',"pDC","CD14+ Monocytes",'CD16+ Monocytes')

CoveragePlot(
  object = pbmc,
  region = rownames(da_peaks)[1],
  extend.upstream = 40000,
  extend.downstream = 20000
)

我们也可以通过 CoverageBrowser() 函数来生成这些图表的交互式版本。以下是一个录制的演示，展示了如何利用 CoverageBrowser() 函数来交互式地浏览基因组并调整绘图设置。在 CoverageBrowser() 界面中，点击“保存图表”按钮可以将当前的图表保存到一个 ggplot 对象的列表中，当您完成交互式浏览并点击“完成”按钮时，这个列表将被返回，这样您就可以在交互式会话中保存那些有价值的视图。