空间转录组数据库汇总

作者，Evil Genius

分享一个数据库，CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集，涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集。针对单个样本提供了全面的生物信息分析，包括空间变异基因（SVG）分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释等。CROST通过集成空间转录组、经典转录组、表观基因组和基因组的数据全面阐明了肿瘤相关SVG，是用户（尤其是临床医生）快速评估特定癌症类型中基因表达水平、甲基化水平、拷贝数变异以及预后的宝贵工具。此外，数据库提供了一个用于可视化、空间通讯、空间共定位和细胞类型相关性的交互式环境。CROST还开发了一个专为空间转录组分析而设计的一站式分析平台，旨在帮助用户即使不具备任何编程技能也可进行空间转录组分析。

文章在CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics（Nucleic Acids Research,16.971），网页链接在https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/。

该数据库包含了4个模块，即

1、Browse module

即数据的查询

2、Cancer SVG module

Cancer SVG模块显示了主要富集于肾癌(8323个基因)、肝癌(6380个基因)和黑色素瘤(5964个基因)的48043个SVG的来源和特征。包括基本信息、基因原位表达、基因表达、DNA甲基化、拷贝数变异、生存分析和相关文献信息。同时计算每个SVG在癌型之间、正常组织与肿瘤组织之间的定量比较，以及与预后的关系，并从基因表达水平、DNA甲基化水平和基因组CNV水平进行说明。

3、Explore module

该模块为可视化、细胞通讯、细胞类型共定位和细胞类型关联提供了一个交互式环境。

4、Online analysis module

包括ssGSEA、SpatialAP。

目前分享的数据库包括SpatialData，文章在整合多模态空间组学数据开源框架--SpatialData，网址在https://spatialdata.scverse.org

还有SpatialTME,文章在空间数据库SpatialTME与空间主要分析，网址在http://www.spatialtme.yelab.site/

还有其他的数据库，包括

• STOmicsDB,华大数据库， 网址在https://db.cngb.org/stomics/，包括17个物种的218个人工处理的数据集。
  
• SpatialDB，网址在http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php,文章在SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes（Nucleic Acids Research, IF 19.16）。
  
  
• SPASCER数据库，SPASCER数据库是一个新的空间转录组学数据库，包含43个研究的1082个数据集，旨在帮助理解组织异质性，组织微环境以及跨组织结构的细胞间相互作用，网址在https://ccsm.uth.edu/SPASCER，文章在SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution（Nucleic Acids Research, IF 19.16）
  
• Spatial Omics DataBase (SODB), 文章在Publisher Correction: SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data, SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data（均为nature methods，IF 48）
  

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