单细胞-细胞通讯分析软件知多少？

2024更新

image.png

2022
Deciphering cell–cell interactions and communication from gene expression
这篇综述写的很清楚了，把相应的原理，数据库，数据集，软件都列出来了，这里只是简单贴一下软件的图。

image.png

image.png

其中比较常用的有

CellphoneDB：是公开的人工校对，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。(配体-受体+多聚体)

iTALK：通过平均表达量方式，筛选高表达的配体和受体，根据结果作圈图。(配体-受体)

CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。(配体-受体+多聚体+辅因子)

NicheNet：通过将相互作用细胞的表达数据与信号和基因调控网络的先验知识相结合来预测相互作用细胞之间的配体-靶标联系的方法。(配体-受体+信号通路)

Celltalker：通过寻找细胞群内和细胞群之间已知的配体和受体对的表达来评估细胞间的交流。(配体-受体)