Annovar注释的突变文件转MAF对象

maftools可以读入Annovar注释的突变文件，生成成MAF对象，方便下游的突变分析。
1. 合并不同样本的突变文件，加上样本编号
原始的vcf文件经过Annovar软件注释后会生成注释好的.vcf以及.txt文件。
#每个样品一个文件夹，下面有annovar注释的文件

for id in `find ./ -name *hg38_multianno.txt`;do add=${id##*/};add=${add%%.*};awk '{if (NR==1) {print $0, "Tumor_Sample_Barcode"}; if (NR>1) {print $0,"'"$add"'"}}'  $id >> merged.hg38_multianno.txt;done

# 根据文件名解析出样本编号，较为复杂。

## 去掉多余的行和列
cat merged.hg38_multianno.txt |head -1 > merg.head.txt

cat merged.hg38_multianno.txt |grep -v "T

Annovar注释的突变文件转MAF对象最先出现在Python成神之路。