关键词：临床试验；基因测序；变异检测；

文献简介

标题（英文）：Neoantigen Load as a Prognostic and Predictive Marker for Stage II/III Non-Small Cell Lung Cancer in Chinese Patients

标题（中文）：新抗原负荷作为中国非小细胞肺癌II/III患者的预后和预测标志物

发表期刊：Research Square

作者单位：浙江肿瘤医院等

发表年份：2020

文章地址：https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-130886/v1

II/III 期非小细胞肺癌 （NSCLC） 的预后即使在完全肿瘤切除和辅助化疗后也不令人满意。具有高免疫原性的肿瘤被定义为“热肿瘤”，并与免疫疗法的临床益处相关。

图1 文献简介

测序流程

在本研究中，研究者评估了免疫基因组特征和基因突变特征对中国II/III期非小细胞肺癌患者的预后和预测价值。研究发现，高肿瘤突变负荷（TMB，>4个突变/Mb）与NSCLC患者的无病生存期更好相关，尽管在鳞状细胞肺癌和肺腺癌亚组中没有这种关联。此外，在低NAL亚组的鳞状细胞肺癌患者中，较高的新抗原载量（NAL，>2个新抗原/Mb）在辅助化疗后表现出更好的无病生存期和生存获益，但在肺腺癌亚组中则没有。高DNA损伤修复（DDR）指数（基因突变发生在至少三种不同的DNA修复途径中）与高NAL数量和鳞状细胞肺癌的良好无病生存期相关，但在肺腺癌患者中则不然。然而，单个基因、癌基因通路和抗原呈递机制基因的突变，以及人白细胞抗原（HLA）-I数和HLA-I杂合性丧失（LOH）对鳞状细胞肺癌或肺腺癌患者的无病生存期没有预后或预测价值。

在配对样本WES数据分析部分，研究者使用Sentieon软件进行去重复、INDEL重比对、BQSR及使用Sentieon TNseq模块进行somatic突变检测。

图2 鳞状细胞肺癌和肺腺癌中免疫基因组谱

Illustration of immunogenomic features between ADC and SCC. The HLA number,LOH, MS status, DNA damage repair pathway and antigen presentation machinery pathway were pro led  strati ed by NSCLC histological types

图3 sentieon的作用

Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。

文献讨论

图4 文献讨论

肺癌仍是全球重大健康问题，辅助化疗对NSCLC的5年生存率提升有限。免疫检查点抑制治疗提高了晚期NSCLC患者的总体生存率，但进一步研究仍然必要。当前研究通过全外显子组测序（WES）分析识别和评估NSCLC的基因变异，发现高突变负荷（TMB）预测NSCLC患者更好的无病生存期（DFS），但对SCC和ADC亚组无效。高新抗原负荷（NAL）和高DNA损伤修复（DDR）指数能更好地预测SCC患者的良好DFS和化疗成功，但对ADC患者无效。未来需要更大样本量的研究来确认这些发现。

总结

综上所述，研究表明，在中国患者中，较高的新抗原负荷（NAL）可改善鳞状细胞肺癌（SCC）的无病生存期，但不能改善肺腺癌（ADC）的无病生存期。在NAL较低而ADC较低的SCC患者中，辅助化疗可改善其生存期。目前的数据显示，NAL是肺SCC预后和化疗反应预测的生物标志物。要证实这些数据，还需要在多个机构进行更大样本量的进一步研究。