分子对接的基石：配体预处理与能量最小化

在分子对接的世界里，配体的三维结构是研究成功与否的关键。一个精确的配体模型不仅能提高对接的准确性，还能帮助我们深入理解分子间的相互作用。

01 配体预处理步骤及原因

氢原子添加

在某些情况下，需要为分子添加氢原子，以确保分子的化学环境与实际情况相符。

电荷分配

为了准确模拟分子的电荷分布，需要对分子进行电荷分配。 这有助于在对接过程中更准确地计算分子与靶标之间的静电相互作用。

3D结构生成

许多小分子在数据库中以1D或2D的形式存在。 为了进行分子对接，需要将这些结构转换为3D结构，因为对接算法需要3D空间信息来模拟分子间的相互作用。

能量最小化

生成的3D结构可能不是能量最低的状态。

通过能量最小化，可以找到分子的稳定构象，这有助于确保对接过程中使用的是分子的低能构象。

标准化处理

确保分子的命名和属性标准化，有助于在不同软件和数据库之间进行数据交换和比较。

02 注意事项

确保化学结构正确

确保配体的化学结构正确无误，包括正确的化学键、原子类型和官能团。

考虑立体化学

确保手性中心的构型准确，因为立体异构体可能具有不同的生物活性。

03 步骤

进入【处理PDB结构】

上传化合物结构

绘制化学结构

注意：有手性的分子，要使用楔形键标示正确。

上传分子文件

可批量上传最多30个分子；支持mol、mol2、sdf、pdb格式

输入SMILES

在PubChem,输入分子名称，在Isomeric SMILES类目

上传化合物结构后，点击【添加】分子名称

点击【添加】后，如有需要可修改名称继续绘制化学结构

点击【质子化/去质子化】，点击【准备】，下载文件即可

质子化是为了使配体在分子对接中的行为更接近其在自然状态下的行为。