实验技术 | 微量RNA测序技术:解码生命,助力科研
在现代生命科学研究中,RNA测序技术已经成为揭示基因表达和调控机制的关键工具。然而,对于许多珍贵或难以获取的样本,传统的RNA测序技术往往因为样本量不足而无法满足研究需求。这时,微量RNA测序技术应运而生,突破了样本量的限制,为科研工作者提供了新的可能性。
一、 技术优势与特点
1
高灵敏度:低至50ng RNA 或 5×104个细胞即可检测
2
均一性高
3
重复性好
二、适用范围
01 临床样本分选的少量细胞
02 难以获取的标本
03 较少量的细胞样本
04 小鼠分离的少量细胞
05 浓度较低的RNA样本
三、实验流程
1. 提取建库测序流程
2. 生物信息学分析流程
四、质控
Reads 碱基错误率分布图
GC 含量分布图
五、结果展示
差异基因火山图
差异基因聚类图
KEGG富集和弦图
六、送样指南
七、样本采集与处理
1. 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品;
2. 细胞样品:培养诱导结束后,去除培养液,加入适量专门的细胞裂解液,投入液氮冷冻,然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存;
3. 全血样本应分离白细胞:加入适量专门的细胞裂解液,投入液氮冷冻,然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存;
4. 动物组织:准确切取所需组织后,在RNase-free的生理盐水中迅速漂洗样本,以去除血渍和污物。用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,迅速投入液氮冷却。后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存;
5. 临床标本:准确切取所需组织后,用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,立即投入液氮冷冻。后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存;
6. 植物组织:准确取得所需组织后,立即放入进口冻存管中,投入液氮冷冻,然后于液氮中存放或转入-80°C冰箱保存。
八、应用
1. 癌症研究:
(1)癌症标志物发现:用于筛选和验证早期诊断标志物;
(2)肿瘤异质性分析:分析肿瘤内部不同区域的基因表达差异,揭示肿瘤进展、转移和耐药机制;
(3)微环境研究:研究肿瘤微环境中免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用。
2. 疾病机制与分子标志物研究
3. 药物靶点筛选
4. 再生医学与干细胞研究:研究干细胞分化和组织再生过程中的基因表达变化。
5. 发育生物学研究:揭示胚胎及器官发育过程中基因表达的动态变化,理解发育调控机制。
6. 微生物与病毒研究:
(1)病毒感染与宿主反应:研究病毒感染后的宿主基因表达变化,发现新的抗病毒策略;
(2)微生物群落与宿主健康:分析微生物群落的RNA表达,研究其对宿主健康的影响。
7. 环境与生态研究:
(1)环境应激反应与生态评估:研究生物体在环境变化中的RNA表达,评估生态系统健康;
(2)物种多样性与适应性进化:分析不同环境中的生物多样性和基因表达,探索物种适应性进化机制。
8. 农业与食品科学研究:
(1)作物抗逆性与育种:研究作物在逆境中的RNA表达,指导抗逆性育种;
(2)食品安全与动植物育种:通过RNA测序提升食品安全和动物、植物的育种效率。
9. 法医学与人类学研究:
(1)法医学分析:利用RNA测序技术分析法医学样本;
(2)人类起源与进化研究:研究古代人类的RNA表达,揭示人类演化历史。
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作者:dingding
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来源:TechFM
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