空间细胞聚类与Cellular ecosystems

作者，Evil Genius

礼拜天我们分享一个简单的内容，空间细胞聚类与细胞微环境

为了表征细胞的区域细胞富集模式，首先进行聚类（注意是空间细胞聚类，需要先联合分析），识别空间域，这个时候每个群就是cellular ecosystems (Cell-Eco). These Cell-Eco are characterized by disinct cellular composiions and abundances across the issue samples

随后，空间域细胞富集

分析方法，基于细胞类型比例的斑点聚类

首先，构建一个细胞类型比例的矩阵。低于 10% 的细胞类型比例被过滤掉，并认为不具有生物学意义。过滤后，对spot进行缩放，以确保细胞比例的累积和为 100%。使用Python 实现的基于图形的聚类方法 Leiden 算法，在 R中基于相似的细胞组成识别spot cluster。将聚类精度设置为 0.2的分辨率，因为不同的分辨率不会改善聚类的生物学解释。根据leiden聚类结果，将spot标记为细胞生态系统(Cell-Eco)。细胞类型意味着高于10%的细胞类型被认为对Cell-Eco身份具有生物学意义。根据先前描述的每个Cell-Eco的细胞类型均值对spot进行过滤和重新缩放。

示例代码GitHub - ati-lz/ISCHIA: Framework for analysis of cell-types and Ligand-Receptor cooccurrences

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