新格元Celescope(二):构建单细胞比对的基因组索引文件
登录计算节点,激活环境
salloc -p tyhctest -N 1 -n 2
ssh 计算节点
source ./miniconda3/bin/activate
conda activate celescope
logout#或者Ctrl + D
使用方法
celescope rna mkref /
--genome_name /#设置参考基因组的名称,这个名称会最终展示到celescope生成的报告里,默认为None
--fasta /#接fasta文件
--gtf /#接gtf文件
实列
提交任务
source ./miniconda3/bin/activate
conda activate celescope
celescope rna mkref /
--genome_name Rat/
--fasta Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.dna.toplevel.fa/
--gtf Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.109.gtf /
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