WGCNA–wgcna中的ME，KME，hME

WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis）是一种用于分析基因共表达网络的方法。在WGCNA中，与基因表达量相关的一些关键概念包括模块（module）、模块特异性基因（eigengene）以及与模块和基因相关的一些统计量，如ME（Module Eigengene）、KME（eigengene-based connectivity）、hME（in-module connectivity）等。

1. ME（Module Eigengene）：

   • 定义： 模块特异性基因（eigengene）是模块内所有基因的主成分，它代表了整个模块的表达模式。ME是模块特异性基因的一个值，用于表示模块整体的表达情况。
   • 理解： ME可以看作是对整个模块在不同条件下的表达进行综合评估。ME的变化可以帮助理解模块在不同生物学条件下的调节情况。

2. KME（eigengene-based connectivity）：

   • 定义： KME是指每个基因与模块特异性基因（ME）之间的相关性。在WGCNA中，通过计算每个基因与模块特异性基因的相关性，可以评估基因在模块内的连接性。
   • 理解： KME提供了关于每个基因在模块内位置的信息，即基因与整个模块的联系紧密程度。高KME值的基因在模块内可能具有更重要的调控作用。

3. hME（in-module connectivity）：

   • 定义： hME是指每个基因在模块内与其他基因的连接性的平均值。它表示了一个基因在其所在模块中的相对中心性。
   • 理解： hME反映了一个基因在模块内的相对重要性。具有高hME的基因可能在模块内具有较强的连接性，可能在模块内发挥关键作用。

这些统计量通常与基因的表达模式和调控性质相关。通过WGCNA，研究人员可以识别基因模块，并进一步研究这些模块与生物学特性之间的关系。ME、KME和hME等指标提供了对基因在模块内位置的不同度量，帮助解释基因调控网络中的重要性和相互关系。