单细胞空间外显子资料梳理

作者，Evil Genius

马上国庆了，我们就简单汇总一下过去的经验和资料，为4季度冲刺做准备吧。

盗版好像都已经有了，虽然我得不到任何好处，但是希望大家拿到之后好好珍惜、好好学习吧。不要因为盗版便宜，就不懂珍惜。

2023年其实上过很多的课程，包括单细胞的基础分析 + 个性化分析，空间的基础分析 + 个性化分析。课程是从基础分析开始的，包括R语言、python语言，单细胞讲到了基础的降维聚类差异富集（Seurat + scanpy）、整合去批次、细胞注释、轨迹、通讯、CNV 、VDJ、ATAC、可变剪切等，由浅入深；空间部分包括基础的降维聚类差异富集（Seurat + scanpy）、多样本整合去批次、单细胞空间联合（cell2location、MIA）、空间邻域通讯、信号流、共定位、空间去污、生态位基因模块、空间轨迹、空间CNV、打分、生态位、细胞网络、绘图 + 文献解读，所有分析点以R为主。链接在：

2023空间转录组课表

2024年的单细胞空间课程纯进阶的，包括单细胞 + 突变、单细胞可变剪切、单细胞CNV、单细胞通讯、单细胞 + ATAC、 单细胞 + VDJ（都是单细胞多矩阵联合分析，难度较高）；空间部分包括联合去批次、单细胞空间联合、共定位、邻域通讯信号流、分子niche与细胞niche、空间网络、空间微生物、空间VDJ、空间CNV、空间邻域、hotspot、单细胞 + 空间个性化汇总、空间基因梯度、空间速率、空间轨迹、细胞网络、nicheDE与nicheLR、HD数据分析 + 细胞分割、Xenium数据分析 + 图像识别 + IIS niche与微环境，以python分析为主，链接在

2024年单细胞空间系列课程,这个课程已经被别有用心的人举报了，无法再直接付费获取、大家感兴趣可以联系我。

2024年的外显子联合单细胞空间的课程一共6节，多组学为主，包括单细胞数据/外显子数据call 突变、注释、融合+ CNV + MSI + TMB、用药解读、数据库整理、HRD + MRD,解读非常专业的课程，链接在

2024年外显子分析系列课程

视频基本都放B站了,链接在七夜听雪ii

把这些掌握了，大家分析上不会有什么问题了，剩下的就是用自己的数据发好的文章了。

肿瘤微环境由许多不同类型的细胞组成，包括恶性细胞，但也包括非转化细胞，如成纤维细胞、免疫细胞、神经元、淋巴管和血管。这些细胞类型中的每一种都可以进一步承担各种表型，由多种蛋白质的共表达定义。这些细胞以空间结构排列，表现出微环境的小生境、营养梯度以及细胞间相互作用。近年来，人们越来越认识到，这个统称为肿瘤微环境的生态系统在介导复杂现象如肿瘤进展和对治疗的反应)方面发挥着至关重要的作用。

单细胞 + VDJ + 空间 + 外显子 + 耐药反应 + 空间轨迹

肿瘤和神经元微环境的空间多样性，单细胞 + 空间 + 外显子 + 免疫

单细胞 + 空间 + CNV + 空间轨迹

生活很好，有你更好