血液DNA提取试剂的选择标准
血液也叫全血,医学上称为外周血,从外周血中提取DNA就是从有核的白细胞中提取DNA。目前常见的方法是先裂解血细胞释放DNA,然后在高盐环境下使DNA从有机溶剂中析出,最后去除蛋白、色素和盐等杂质得到纯化后的DNA。要想获得高质量的血液DNA,可以从以下几个方面选择血液DNA提取试剂:
1、DNA得率
DNA得率与裂解液的性能有关,裂解液通常含有去污剂、盐和蛋白酶。去污剂是通过使蛋白质变性,破坏膜结构及解开与核酸相连接的蛋白质,从而使核酸游离在裂解体系中;盐可以为反应提供一个合适的裂解环境,抑制样品中的核酸酶在裂解过程中对核酸的破坏,维持核酸结构的稳定等;蛋白酶可以将蛋白质消化成小的片段,促进核酸与蛋白质的分开。一款性能好的裂解液可以有效的破坏膜的结构使DNA充分释放,否则会使DNA得率降低。国内常用的血液DNA提取试剂中,Qiagen、BIOG的裂解液性能都非常不错,一般情况下,加入血液后10分钟就可以将血细胞彻底裂解。
此外,DNA得率与血液样品的量成正比,如果要提高DNA得率,可通过增加血液的量来实现。一般先提取200ul的全血,如结果不理想可考虑增加血液量。但如果增加血液量还不能得到满意结果,应及时考虑更换试剂。目前国内常用的血液DNA提取试剂有Qiagen、BIOG等。根据我们的经验,Qiagen试剂的血液DNA提取得率,一般1mL样本在15-20μg左右。BIOG与Qiagen公司的提取得率相近,1mL血液样本在11-42μg,基本上都能满足下游PCR实验的要求。
2、DNA纯度
DNA的纯度也很重要,DNA纯度不足会影响后续的PCR、荧光定量PCR和各种酶切试验等。一般通过测定OD260/OD280比值来估计核酸纯度。纯DNA的OD260/OD280比值为1.8,如果提取的DNA溶液OD260/OD280比值小于1.6,通常说明有蛋白质或酚、多糖等的污染。如果提取的DNA溶液OD260/OD280>1.9,则表明有RNA污染。
DNA纯度与吸附膜对DNA的亲和力和洗涤液性能有关。吸附膜对DNA的亲和力越强,洗涤液去除蛋白、色素、盐和多糖等污染的能力越强,DNA的纯度越高。目前的血液DNA提取试剂采用的吸附膜有国产和进口的,国产的吸附DNA的能力较弱,据我们所知,BIOG采用的是进口的化学修饰离子膜,比传统的核酸吸附膜更薄,但亲和力更强,可高效、专一的吸附DNA。国内熟知的BIOG品牌、T品牌以及国外的Qiagen等,这些公司所研发洗涤液都具有较好的性能,可以最大限度的去除血液中的血红蛋白、脂类和盐等杂质,我们在实验中提取到的DNA溶液OD260/OD280比值维持在1.7-1.9之间,利用提取的DNA进行后续PCR、荧光定量PCR和各种酶切试验等也没有问题。
3、试剂价格
价格也是选购产品的重要考量因素。对于绝大多数实验如PCR、qPCR、基因检测、分子杂交等,国产试剂都能满足质量要求。与国外知名品牌相比,国产试剂的价格较为便宜,如BIOG,价格还不到国外品牌价格的30%,性价比较高。因而,对于以上实验建议选用BIOG等国产试剂。
综合看来,与国外知名品牌相比,国产试剂在血液DNA提取纯度和提取得率上差别不大,而在价格方面,国产试剂具有比较明显的优势。如果经费不多或下游做PCR、qPCR、分子杂交等实验,可考虑选择性价比较高的BIOG等国产品牌。
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