文献分享—差异染色质可及性和转录动力学定义乳腺癌亚型及其谱系（突变 + scRNA + scATAC + 空间）

作者，Evil Genius

今日参考文献

知识积累

乳腺癌（BC）由不同的分子亚型和不同的细胞起源来定义。

BC是女性中最常见的癌症，2018年确诊的新病例为210万例。

乳腺癌的临床特征和基因组特征

57个组织样本进行了scRNA-seq和/或snRNA-seq。其中，6例、16例、4例和11例肿瘤分别被临床标记为ER+ PR−HER2−、ER+ PR+ HER2−、HER2+和TNBC。生成的数据包括scRNA-seq、snRNA-seq、snATAC-seq、空间转录组学（ST）、全外显子组测序（WES）和bulk RNA测序（bulk- rna -seq）。

肿瘤亚型、内在特征和外在特征

基底样乳腺肿瘤中免疫抑制和T细胞耗竭增加

研究肿瘤谱系的细胞起源和规律

识别和了解产生BC的细胞对于比较肿瘤细胞和正常细胞以及最终了解肿瘤的进展和进化至关重要。虽然在BC中哪些细胞类型导致肿瘤细胞尚无共识，但普遍的模型是LP细胞倾向于导致TNBC癌症，而LM细胞则发展为ER+或ER+ PR+肿瘤。

单细胞分辨率下的染色质图谱是唯一适合重建肿瘤中祖细胞群和恶性细胞之间的谱系。

重建这些不同谱系特有的转录网络（SCENIC）。

染色质可及性和基因调控的整合可以区分祖细胞群体和不同肿瘤细胞亚型之间的关系，并突出了定义这种关系的特定TF调控网络。

从祖细胞到肿瘤细胞的谱系特异性变化

基底样和腔内肿瘤细胞表面标记物

为了确定潜在的治疗靶点，我们在基底和腔内亚型样本中寻找细胞表面肿瘤特异性标记物。

在肿瘤发生过程中驱动祖细胞向管腔和基底样BC肿瘤亚型发展的基因调控网络，重点关注表达改变、基序富集和染色质可及性。

方法需要注意的地方

tumor-only的突变检测

配对样本检测

Germline变异的检测和注释

单细胞突变检测

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