技术资源｜转录因子工具

自用。

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JASPAR可用于在确定转录因子和启动子的情况下预测两者的结合位点，PROMO可用于在已知启动子序列的情况下预测可能结合的转录因子。

JASPAR

JASPAR是一个定期维护的开放访问数据库，以位置频率矩阵（pfm）的形式存储人工整理的转录因子结合概况，常用于预测转录因子与靶基因启动子区域的结合位点。官网（https://jaspar.elixir.no/）主页如下。

JASPAR数据库目前分为两个部分，一个是 CORE图谱集，这些图谱来自已发表的资源和文献，每个条目都至少有两个正交实验支持进行验证。另一个是UNVALIDATED图谱集，以反映更广泛使用高通量测序方法所产生的更多图谱，而这些图谱的独立验证尚未完成。

目前JASPAR包含vertebrata（脊椎动物），insecta（昆虫），nematoda（线虫），fungi（真菌），plantae（植物）和 urochordata（尾索动物）的转录因子数据 。

选择物种后检索界面如下。可直接在检索框中输入转录因子名称进行查找，也可在检索框下方菜单栏通过设置图谱集、物种、转录因子类别、数据版本等选项精确查找。需要注意的是，JASPAR可能识别不了基因别称，如果只知道基因别称建议在ncbi搜索获得基因官方名称后再利用JASPAR搜索。

此处小编以人NFE2L2转录因子和靶基因NEDD4L为例来说明JASPAR的使用方法。在检索框中输入转录因子名称，选择图谱集和物种，点击搜索，结果页面如下所示。

点击ID可查看转录因子详细信息。左侧为转录因子蛋白信息，右侧为转录因子序列。右侧上下两张图对应，碱基对应的频度矩阵越大则这一位置出现该碱基的可能性越大。如第一个位置，A、C、G、T对应的频度矩阵分别为10、1、9、0，则说明该位置碱基为A和G的可能性较大，C的可能性很小，T的可能性为0。

那么如何预测转录因子与靶基因的结合位点呢？首先选中搜索结果页面中的目的转录因子，在页面右侧找到Scan，点击后输入靶基因启动子序列，根据需要更改相对轮廓评分阈值，一般默认为80%，点击右下方的Scan即可。如何查找启动子序列可查看转录因子与靶基因启动子验证预测方法和常用网站介绍｜基因宝库之UCSC篇（三）”两篇文章。

结合位点预测结果如下，可通过Score和Relative score判断两者结合的可能性，一般Score和Relative score分数越高，结合的可能性越大。

PROMO

已确定转录因子和靶基因的情况下，JASPAR无疑是最佳帮手之一，但如果只确定了靶基因不确定转录因子，这时就需要用到PROMO网站了。PROMO是一个用于鉴定DNA序列中假定的转录因子结合位点的预测网站。

官网（https://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3）主页如下所示。

首页写明了网站使用方法，首先点击SelectSpecies选择物种，共真核生物、病毒、细菌和未分类的物种四种选项，点击选项前方的三角形图标可进一步查看包含的具体物种精确选择。选择好后点击Submit自动跳转首页，接着点击SearchSites输入启动子碱基序列，点击Submit即可。

此处小编在物种选择界面选择了Only human factors和Only human sites，输入了一个人源基因的启动子序列，其预测结果如下所示。需要注意的是，PROMO展示的转录因子可能用的是基因别称，如果发现有的转录因子与印象不符，可以在ncbi搜索确认下哦。