脚本更新—-实现visium数据的空间距离分析

作者，Evil Genius

今天周天，当然了定时周一凌晨发的，不想分享文献了，更新更新代码。

对于空间转录组而言，空间距离分析是逃不过的一环，类似下图

这种距离分析的意义，是分析细胞类型之间存在潜在的物理接近，例如上图就是肿瘤细胞和中性粒细胞之间存在潜在的物理接近。

还有就是下图的内容，通讯分析也需要物理上的接近。

具体AI图的展现形式

高精度空间技术的展现形式

我们今天的目标就是实现这个分析

library(Seurat)
library(SeuratData)
library(tibble)
library(ggplot2)
library(patchwork)
library(dplyr)
library(Rmagic)
library(reticulate)
source("citeseq_function.R")
dataspat <- readRDS("data/spatial/HCC1T.rds")

第一步，单细胞空间联合，这个就不做了，R版本用RCTD做一下就行，拿到解卷积后的矩阵，存放在meta.data下面。

第二步，中性粒细胞与肿瘤的距离分析（大家自己的项目要选择自己的目标细胞类型）。