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开门见山：
GWAS 总体流程理解版 - 简书
全基因组重测序基础及高级分析知识汇总 - 知乎
GWAS学习 | 01-分析路线图 - 知乎

获取变异数据（基于全基因组测序，WGS）

全基因组重测序流程【超细致！！】 - 简书
从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第3节 数据质控 - 知乎

GWAS

  1. GWAS：原理与目的 - 简书
  2. GWAS：流程与试验设计 - 简书
  3. GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理 - 简书
    3.1 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复） - 简书
    3.2 GWAS和GS使用BLUE值还是BLUP值作为表型值?_多年多点数据one-stage gwas分析-CSDN博客
    3.3 科学网—混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 - 邓飞的博文
    3.4 GWAS：遗传力计算 - 简书
  4. GWAS：标记的开发和分型 - 简书
    4.1 基因型数据描述性统计 - 简书
    4.2 统计遗传学：第七章，基因型数据格式介绍 - 知乎
  5. GWAS：群体结构——Admixture - 简书
    5补充：
    种群结构分析--ADMIXTURE和fastStructure - 知乎
    【全基因组关联分析GWAS专题1】——群体结构 - 知乎
  6. GWAS：主成分分析——GCTA - 简书
  7. GWAS：系统进化树——MEGA - 简书
    7.1 GWAS：系统进化树美化——ITOL - 简书
  8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA - 简书
  9. GWAS：关联分析 - 简书
    9.1 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM) - 简书
    9.2 GWAS：关联分析——EMMAX - 简书
    9.3 GWAS：显著性阈值确定——GEC - 简书
    9.4 GWAS：显著SNP筛选及曼哈顿图绘制 - 简书
  10. GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay - 简书
    10.1连锁不平衡LD (popLDdecay+ LDBlockShow) - 知乎
    10.2全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡 - 知乎
  11. GWAS：确定候选区间 - 简书
  12. GWAS：候选基因挖掘 - 简书
  13. CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed - 简书
  14. GWAS: 全基因组关联分析全流程 - 简书
  15. Genome-wide Association Studies (5cu)
  16. 一文详解基因组denovo组装原理和实战
  17. QTL定位与全基因组关联分析(GWAS)-CSDN博客

大佬实操

序言:你知道什么是全基因组选择吗？它是人类最新发明的育种技术中的一款新利器

1.笔记 | GWAS 操作流程1：下载数据 - 知乎
2.1笔记 | GWAS 操作流程2-1：缺失质控 - 知乎
2.2 笔记 | GWAS 操作流程2-2：性别质控 - 知乎
2.3 笔记GWAS 操作流程2-3：MAF过滤
2.4笔记 | GWAS 操作流程2-4：哈温平衡检验
2.5笔记 | GWAS 操作流程2-5：杂合率检验
2.6笔记 | GWAS 操作流程2-6：去掉亲缘关系近的个体
2.7 GWAS分析中协变量的处理
3.笔记 | GWAS 操作流程3：plink关联分析--完结篇
4.1笔记 | GWAS 操作流程4：LM模型assoc
4.2笔记 | GWAS 操作流程4-2：LM模型+数值协变量
4.3笔记 | GWAS 操作流程4-3：LM模型+因子协变量
4.4笔记 | GWAS 操作流程4-4：LM模型+数值+因子协变量
4.5笔记 | GWAS 操作流程4-5：LM模型+数值+因子+PCA协变量
5.1笔记 | GWAS 操作流程5-1：根红苗正的GWAS分析软件：GEMMA
5.2笔记 | GWAS 操作流程5-2：利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量
6.1笔记 GWAS 操作流程6-1：为何有些SNP效应值大却不显著？
6.2GLMM：广义线性混合模型（遗传参数评估）
6.3笔记 GWAS 操作流程6-3：手动计算GWAS分析中的GLM和Logistic模型

如何使用TASSEL l 做GWAS 说明文档
7.基因组选择和大效应SNP分析的实现方法
plink软件初体验2--常用参数
plink软件初体验3--计算样本杂合度和SNP位点杂合度
可以做structure的R语言包：LEA
GWAS学习 | 01-分析路线图
GCTA如何做PCA分析并进行可视化
PCA分析 | 不同品种的基因型数据绘制2D和3D的PCA图
Admixture使用说明文档cookbook
使用TASSEL学习GWAS笔记（1-6）完整版
GWAS分析新软件 | GMATs：解析复杂性状和复杂遗传机制的高效工具
plink计算的PCA为什么和GCTA计算的不一样？

单倍型分析

1. 单倍型分析 - 简书
2. 2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传 - 简书
3. 基于Vcf文件进行基因单倍型分析 - 简书
4. 单倍型haplotype 及GWAS研究 - 简书
5. Cell文章 中单倍型的地理分布图绘制步骤之数据下载 - 简书
6. Cell文章 中单倍型的地理分布图绘制步骤之地图绘制 - 简书
7. SNP x SNP 上位效应（epistasis）分析 - 简书
8. 数量遗传学笔记—基因（加性、显性、上位性）效应 - 简书
9. 从入门到出家：单倍型Haploview分析（万字详解） - 知乎
10. 从零开始进行单倍型分析之理论基础篇-CSDN博客

eQTL 分析

1. 表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析原理 - 知乎
2. 利用“MatrixEQTL”包进行eQTL实战分析 - 知乎
3. Post-GWAS: eQTL、mQTL共定位分析(SMR) - 知乎
4. 文献解读--通过RNA测序解析玉米籽粒复杂的调控网络 - 简书
5. eQTLs play critical roles in regulating gene expression and identifying key regulators in rice
6. Integration of eQTL Analysis and GWAS Highlights Regulation Networks in Cotton under Stress Condition
7. Revealing the architecture of gene regulation: the promise of eQTL studies
8. Whole-organism eQTL mapping at cellular resolution with single-cell sequencing
9. Combined GWAS and eQTL analysis uncovers a genetic regulatory network orchestrating the initiation of secondary cell wall development in cotton
10. Single cell eQTL analysis identifies cell type-specific genetic control of gene expression in fibroblasts and reprogrammed induced pluripotent stem cells

大佬list

https://github.com/mdozmorov/scRNA-seq_notes

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作者：倾城
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