多组学文献—-复发性I期非小细胞肺癌的生物学和临床见解

作者，Evil Genius

多组学是趋势，当然无论从科研的角度还是从公司的角度看，多组学都是百利而无一害的，唯一让人觉得麻烦的，一是费用，二是多组学分析。

今天我们分享的多组学，WES + HRD + scRNA + 甲基化 + bulk RNA。

之前说过，临床样本最推荐的就是WES + scRNA，费用并没有多多少。

今天我们分享的文章

知识积累

1、I期非小细胞肺癌（NSCLC）术后复发率在20%-40%之间。

2、DNA结合结构域中的TP53错义突变可能导致缩短复发时间。

3、DNA低甲基化在复发性非小细胞肺癌中明显，从机制上讲，TEAD1结合位点的低甲基化促进了PRAME的转录激活。抑制PRAME通过下调上皮间质转化相关基因来抑制肿瘤转移。

数据队列

122名未接受过治疗的I期非小细胞癌患者的样本。

47名患者身上收集了冷冻新鲜（FF）肿瘤和成对的邻近正常组织。

复发患者的原发性非小细胞肺癌具有明显的基因组特征

外显子研究癌基因和肿瘤抑制基因中的已知体细胞突变，包括TP53（47%）、EGFR（30%）、APC（11%）。

TP53突变是所有组中最常见的突变。

以TP53突变为主的系统发育模式、较高的HRD评分、dMMR和APOBEC胞苷脱氨酶的特征为特征的基因组不稳定性增加可能导致肺癌术后复发。

DNA甲基化与术后复发

表观遗传景观的改变，以DNA甲基化为例，导致了包括肺癌在内的各种癌症的肿瘤发生、复发和转移。

CpG甲基化水平分析表明，与非Rec组相比，Rec组的LUAD和LUSC均显示出显著的低甲基化（CpG岛（富含CG的区域），这些区域常位于基因启动子附近）。

DNA甲基化可以调节基因表达，原发性肺癌病变中差异甲基化和基因表达的相互作用已被用于预测癌症进展。

激活最强的基因是位于22号染色体上的PRAME。在PRAME的相对转录因子中，TEAD1在调节组织稳态中起着关键作用。

与I期NSCLC术后复发相关的转录组学特征

NSCLC复发相关的关键DEG主要是活化的EMT和血管生成特征，可能有助于I期NSCLC的术后复发。

PRAME是术后I期LUAD复发的关键基因

PRAME在LUAD-Rec组中高度表达并低甲基化。在功能上，PRAME调节细胞死亡和视黄酸受体信号，这可能导致肿瘤进展和预后不良。

转录组分析表明，PRAME过表达上调了EMT基因特征、E2F靶基因特征以及参与细胞增殖和迁移的多种途径。

AT2特征的丧失和恶性肿瘤的增加与LUAD术后复发有关

14名患者的新鲜肿瘤标本和邻近的非肿瘤样本进行scRNA-seq。

LUAD中免疫细胞向复发微环境的转录重编程

巨噬细胞/单核细胞在髓系细胞中的丰度最高，据报道，其在重塑肿瘤微环境（TME）中起着关键作用。

免疫抑制的TME具有低细胞毒性和高耗竭状态，与肺癌术后复发有关。

细胞间通讯的普遍减少，以及衰竭T细胞的调节增强，可能是导致肺癌细胞在复发部位定植的基本生物学行为。

在TME中，Macro_SPP1的富集具有高度炎症特征、免疫抑制状态和细胞间通讯减少，这可能对I期LUAD复发至关重要。

多组学整合可深入了解非小细胞肺癌的复发风险分层和精确治疗(NMF分析)

最后我们来看一下关键的分析方法

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