iTOL模板组成结构解析

在使用iTOL注释模板之前，我们先要了解模板的基本原理。如下图所示，在tol_binary这个模板中，所有条目前带有“#”的是用于解释模板内容的说明文本，不参与iTOL注释；而未携带“#”的则是实际参与注释的内容，它们与结果的呈现直接相关。

在理解了这一点后，我们再来看iTOL注释模板的各部分内容。如下图所示，iTOL模板可以由以下四部分内容组成：

① 模板类型： 

通常位于模板的第一行。如外周符号注释文件tol_binary的第一行是“DATASET_BINARY”，它规定了该模板在iTOL中用来生成binary数据集。

某些模板虽然填写的内容不同，但它们的模板类型可能相同。比如“colors_dash”、“colors_no_range_tol”和“colors_tol”都为“TREE_COLORS”，这意味着它们生成的数据集属于同一种类型，模板功能的分化来源于所添加的数据类型或方式不同。

② 分隔符设置： 

分隔符规定了后面所有内容多个词条之间以怎样的方式进行分隔。比如在上述tol_binary模板中参数设置部分的“DATASET_LABEL,binary_data”将该数据集的名字命名为“binary_data”，两者之间是以逗号作为分隔符的，而同样的其Data原始数据部分的“I149,-1,-1,1,1,0,0,0,0,1,0 ”每两项之间也通过逗号来进行区分。

在iTOL模板中有3种被允许的分隔符，分别是Tab、空格（Space）和逗号（Comma），每个模板只能选择其中一种。tol_binary这个模板默认的分隔符是逗号，所以后面所有内容都用逗号进行分隔。

而分隔符是可以重新设置的，比如我们要将模板的分隔符从逗号更改为Tab，就可以将“SEPARATOR TAB”前面的“#”去除，并在“SEPARATOR COMMA”前面添加“#”。但需要注意的是，分隔符更改后，参数设置部分以及Data原始数据都需要更换为新分隔符的形式。综合来说，最推荐的是Tab，它有利于数据的整理，且不容易受标签名称和颜色设置的影响而产生错误结果。

③ 注释内容的参数设置： 

参数设置部分的情况因模板而异，不同模板设置的内容是不一样的。这些设置通常都可以在iTOL网页中直接更改，所以大多数情况下我们可以不修改这一部分内容。

然而也有一些iTOL模板是不定项的，比如上述的tol_binary模板，它每多一列Data数据就会在外侧多一个环。在这样的模板中，环标签FIELD_LABELS、环颜色FIELD_COLORS等涉及到环数量关系的参数就必须要进行调整，其它参数可以不动。

④ Data原始数据： 

Data部分需要根据我们的注释信息来填入数据，它的格式同样因模板而异。通常第一列是样本或分支的名称，注意该名称与树文件中的名称必须保持一致，任何符号的变化都会使得数据无法正常识别。另外名称内部也不能包含设定的分隔符，否则要么调整模板，要么修改树文件。

后面的各列数据可能包括对颜色、大小、位置、字形、分组标签等内容的设置，具体应该填写什么信息一般在模板中会有示例和说明，根据模板的要求更改即可。比如tol_binary模板从第二列开始每一列是一个环，能够设定的符号仅有“1”、“0”和“-1”三种，不同的数值可以用来表示样本某种基础属性的差异，例如基因的有和无。

更多iTOL课程内容请查看简书“个人介绍”。