Easyfig必学锦囊：Genbank文件起始位置调整方法

问题：

在基因组分析过程中，我们时常会遇到需要调整GenBank文件序列起始位置的情况。这种需求可能源于两个主要原因：一是原始文件设定的起始位置不够合理（如位于基因编码区内部）；二是基于比较基因组学研究的需求（如进行基因簇比对分析）。

示例：

如图1所示pCQ02-121是我们需要调整的序列，此时起始的第一个基因是putative core iteron 1。这里假设由于某种原因，我们需要将起始的第一个基因定为rep，那么rep之前的这部分序列就需要移动到整条序列的末端。

图1

针对这一问题，本文将介绍一种简便的调整方法，该方法利用常用的分子克隆软件Snapgene即可完成，无需手动编辑gbk文件内容。需要注意的是，此方法需要使用完整版的Snapgene软件，因为其免费版本Snapgene Viewer不具备相关功能。具体操作步骤如下：

方法：

1、首先我们打开Snapgene软件，切换下方的“序列”界面，然后选中需要调整的区域（图2），此操作可以按住shift键快速选择。

2、然后在上方的菜单栏“编辑”选项中选择“剪切”（图3），并定位至序列末端，选择菜单栏“编辑”-“粘贴”（图4）。

3、最后在文件选项中选择另存为Genbank格式（图5）便可以生成新的genbank文件。

图2

图3

图4

图5

注意：

如图5 所示，可导出的Genbank格式有3种，本人在实际使用时无法成功保存Genbank-Standard，不确定是否为软件本身的问题，建议保存成Genbank-Snapgene格式。

调整结果：

图6为调整后的展示序列，此时rep为序列的第一个基因。此外，我们也可以在genbank文件中进一步看到调整前后的具体差异（图7、图8）。

图6

图7

图8

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