【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data… Error in download.KEGG.Path(spe…

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最近在做KEGG富集分析时，碰到了一个问题，问题如下：

Reading KEGG annotation online:

fail to download KEGG data...

Error in download.KEGG.Path(species) : 

  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...

In addition: Warning message:

In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :

  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

通过学习Jimmy老师的文章，http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml，问题已解决，非常感谢Jimmy老师！在此做一个记录，仅供学习交流，如有侵权，请联系我，立马撤掉。

Y叔的clusterProfiler包的下载协议是：

getOption("clusterProfiler.download .method")

[1]"libcurl"

下载函数(utils:.download.file和downloader:.download)使用默认的方法，也就是 'auto’是可以去访问的，

但是如果是"libcurl"的协议，就会失败。

所以，最简单的解决方案就是修改这个默认的协议即可，解决方案:

install.packages("R.utils")

library(R.utils)

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")

之后，再运行enrichKEGG就可以跑通了。

KEGG数据库没有倒闭，Y叔的clusterProfiler包也问题不大。仅仅是因为R语言里面的下载文件的函数的协议需要注意，这两个函数两个下载函数（utils:download.file和downloader:.download)，都太底层了。初学者确实不容易找到问题所在。

道阻且长,行则将至 行而不辍,未来可期