PPI | 一键预测基因/蛋白互作网络

三年过去，我们更新了至少300个版本，尽管现在标签只是 TBtools v1.110。今天除夕，给大伙送一个新春大礼包，TBtools 主程序新功能，「PPI Predict」，可以让任何朋友一键化预测本物种的蛋白质互作网络。

界面介绍

由上图可以看出，一共需要三个输入：

1. 感兴趣物种的代表性转录本蛋白序列全集（所有基因，每个基因一个蛋白序列）
2. 参考物种的代表性蛋白序列集合（直接从 String-db 网站下载，下述介绍）
3. 参考物种的蛋白互作网络关系（直接从 String-db 网站下载，下述介绍）

第一个代表性转录本蛋白序列全集，使用 TBtools 的一个功能就可以快速完成

另外两个文件，进入 String-db 网站下载即可。

https://cn.string-db.org/

进入 Download 界面

用户需要按照自己的研究物种选择，一般单子叶植物选择水稻，双子叶植物选择拟南芥，不过几乎所有植物都可以直接参考拟南芥；对于动物或者其他，大伙自行选择。

随后直接下载对应两个文件即可

于是我们得到结果如下

一键预测物种蛋白互作网络 PPI

直接打开 TBtools PPI Predict 功能

按照界面提示信息，设置输入文件，设置工作目录即可

点击 Start ，等待即可，由于涉及到两个蛋白序列全集（30000*30000个蛋白的比对），一般电脑或者笔记本估计要跑一天或者半天（看CPU....）。

结果文件说明

工作目录会生成多个文件，用户一般只需要关注 .PPI.predict.tab 文件

输出文件可以直接用于过滤或者可视化，比如使用 cytoscape

当然，我们可以自行美化这个图稿，或者调整输入，使得好看。

写在最后

2023年01月21日，除夕，提前祝大伙新春大吉，万事如意！
新的一年，希望 TBtools 的开发能得到更多人的支持，对应的也让更多的朋友可以了解到 TBtools ，并加速科研工作。
同时，欢迎更多朋友参与到插件开发，包括 R-plugin 也包括 CLI Plugin。