跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点图和添加辅助线完整示例

论文

Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8

没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图

今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig7a

image.png

部分示例数据截图

image.png

将数据整理成作图需要的格式

library(tidyverse)
table(dat01$type)

dat01 %>% 
  filter(type=="cis_gwas") -> dat01.gwas

dim(dat01.gwas)

dat01 %>% 
  filter(type == "cis_local") -> dat01.local

dim(dat01.local)

left_join(dat01.gwas,dat01.local,by="ID") -> dat

作图代码

这里没有搞清楚他用来映射颜色的数据是什么，这里我就直接用x轴的数据映射颜色了

library(ggplot2)
library(paletteer)
library(latex2exp)

help(package="latex2exp")

ggplot(data=dat,aes(x=h2.x,y=h2.y))+
  geom_point(aes(color=h2.x))+
  scale_color_paletteer_c(palette="ggthemes::Blue-Green Sequential",
                          direction = -1,
                          name="n neighbours")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.position = c(0.8,0.2))+
  geom_abline(slope = 1,intercept = 0,lty="dashed")+
  scale_x_continuous(limits = c(0,1),
                     breaks = seq(0,1,by=0.25))+
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),
                     breaks = seq(0,1,by=0.25))+
  labs(x=TeX(r"(/textit{h}$^2$ {(/textit{cis})} { GWAS})"),
       y=TeX(r"(/textit{h}$^2$ {(/textit{cis})} { local})"))

image.png

今天的推文没啥新知识点，熟悉下ggplot2的基本语法，熟悉下latex2exp这个R包用来添加文本的语法

拼图

library(patchwork)
p+
  scale_color_paletteer_c("ggthemes::Red-Green Diverging",
                          direction = -1) +
  p

image.png

示例数据和代码可以自己到论文中获取，或者给本篇推文点赞，点击在看，然后留言获取

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