#什么是蛋白质二级结构？

按照结构层次划分，蛋白质结构可以分为一级结构、二级结构、三级结构、四级结构：

蛋白质结构层次比较

蛋白质二级结构（secondary structure of protein）是指多肽主链骨架原子沿一定的轴盘旋或折叠而形成的特定的构象，即肽链主链骨架原子的空间位置排布，不涉及氨基酸残基侧链。 [1] 蛋白质二级结构的主要形式包括α-螺旋、β-折叠、β-转角、Ω环和无规卷曲。 [1] 由于蛋白质的分子量较大，因此，一个蛋白质分子的不同肽段可含有不同形式的二级结构。 [1] 维持二级结构的主要作用力为氢键。 [2] 一种蛋白质的二级结构并非单纯的α螺旋或β折叠结构,而是这些不同类型构象的组合,只是不同蛋白质各占多少不同而已。 [1]

蛋白质二级结构示意图

（来源百度百科https://baike.baidu.com/item/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E4%BA%8C%E7%BA%A7%E7%BB%93%E6%9E%84/1479025）

##使用ClustalX，SWISS-MODEL，PDB，ESPript3.0对蛋白比对文件进行美化并预测二级结构

#SWISS-MODEL（https://swissmodel.expasy.org/）获得拟比对蛋白的同源蛋白PDB文件（针对拟比对蛋白中不存在具有PDB文件的蛋白的情况，如果拟比对蛋白中存在蛋白具有已知PDB文件的话，可直接去PDB网站下载）

操作顺序如下：Start Modelling-Upload Target Sequence File-Search For Templates- Modelling-Upload Target Sequence File-Search For Templates-获得同源蛋白列表-选择同源性最高的蛋白（同源性大于35%）并点击相关条目-获得PDB号（SMTL ID）-去PDB数据库下载PDB文件或者直接在当前页面进行下载PDB文件

同源蛋白list

同源性最高蛋白

#在PDB数据库（https://www.rcsb.org/）下载同源蛋白的PDB文件

操作顺序如下：Search-输入PDB号-Download Files-下载FASTA和PDB文件

拟下载PDB文件的蛋白

#ESPript3.0（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）美化蛋白比对文件并添加二级结构

操作顺序如下：蛋白序列比对文件.aln文件（包括上述提供PDB文件的蛋白序列，ClustalX比对获得）上传-下载的同源蛋白结构文件.pdb 文件上传-可设置其他参数进行个性化设置，这里不展开讲解-SUBMIT

上传页面

重点提示：

点击SUBMIT报错（ " Fatal error: secondary structure elements are certainly misplaced ".）的话，可以在报错后，在提交页面根据Defining groups的Guidence中的顺序把PDB文件来自的蛋白序列放在第一位，然后重新提交（见F.A.Q. - ESPript 3 (ibcp.fr)；其他常见问题也可在此查询）

Defining groups框

然后文件就新鲜出炉啦~

美化后的添加蛋白质二级结构的蛋白质序列比对文件