比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用

OrthoVenn2

OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具,它基于OrthoMCL。
选择要分析的物种,也可上传蛋白序列

  • 分析结果

OrthoFinder

将多个物种的蛋白序列放入data 文件夹下. 蛋白序列文件名称为 物种简写.fasta 。OrthoFinder 会根据fasta 文件前缀汇总统计表格。

  • 文件准备
    你要比较的物种的蛋白序列
    A.fasta
    B.fasta
    C.fasta
    D.fasta
  • 运行orthofinder
orthofinder /
-f data / # 数据目录
-S diamond / # 比对方法
-M msa / # 基因树推断方法
-T fasttree / #建树软件
-t 20 # 线程数,根据服务器配置选择
  • 结果分析
    所有结果都存放在orthofinder目录下

    Comparative_Genomics_Statistics #统计结果
    Gene_Trees # 每个家族基因树
    MultipleSequenceAlignments # 多序列比对结果 包含单拷贝基因
    Orthooups # 主要结果目录
    Orthogroup_Sequences # 每个家族序列文件
    Single_Copy_Orthologue_Sequences # 单拷贝基因家族序列
    Species_Tree # 物种树构建结果

Orthooups目录包含
thogroups.GeneCount.tsv # 基因数目
Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt # 单拷贝基因家族列表
Orthogroups.tsv # 聚类结果
Orthogroups.txt # 聚类结果
Orthogroups_UnassignedGenes.tsv # 未聚类基因

  • 可视化
    OrthoFinder 结果一般使用venn 图展示,可以使用在线软件绘制venn图。
    整理数据格式
    保留需要的物种所在的列, 上传至在线网站jvenn.

http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

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版权声明:
作者:zhangchen
链接:https://www.techfm.club/p/44929.html
来源:TechFM
文章版权归作者所有,未经允许请勿转载。

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