参考基因组的下载

lichengxin • 2023-05-08 02:21 • 杂文

下载参考基因组的网站/方法

Ensembl：https://ftp.ensembl.org/pub/
Ensemblgenome：http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/
NCBI:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
UCSC:ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath
JGI:
论文中提供的地址：论文中也会提供数据的储存位置，找到对应的储存网站即可

需要下载的数据

基因组序列(genome.fasta)
基因注释(genes.gtf)
蛋白序列(proteins.fasta)

下载步骤

1.以Ensembl中人(homo_sapiens)的数据为例
打开ftp网址 $/Rightarrow$ 找到最新版本的release版本(release_xxx) $/Rightarrow$ fasta/ $/Rightarrow$ homo_sapiens $/Rightarrow$ dna/*.primary_assembly版本 $/Rightarrow$ 服务器wget命令下载 $/Rightarrow$ 返回release_xxx $/Rightarrow$ gtf/ $/Rightarrow$ homo_sapiens/ $/Rightarrow$ .chr.gtf.gz/.gtf.gz $/Rightarrow$ 服务器wget命令下载