最近新发现一个工具——parallel-fastq-dump，能多线程运行fastq-dump处理SRA文件，而且与另一个常用的多线程工具fasterq-dump相比，还有--gzip选项可以直接生成压缩格式文件，因此下面简单对比一下这三种工具处理SRA文件的速度

一、parallel-fastq-dump基本信息

parallel-fastq-dump的Github地址：https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump

• 注意，parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump，需要预先安装sra-tools：

conda install -c bioconda sra-tools

• conda命令安装parallel-fastq-dump：

conda install -c bioconda parallel-fastq-dump 

parallel-fastq-dump参数如下
（由于是直接依赖于fastq-dump命令，因此fastq-dump的参数也可使用，如--split-files、--gzip、--split-3等）：

二、各命令处理SRA文件用时比较

1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间

① fastq-dump

• （非--gzip模式）
  用时：1m49s

time (fastq-dump -O ./ --split-3  SRR3414630.sra)

• (--gzip模式）
  用时：8m35s

time (fastq-dump -O ./ --split-3  --gzip  SRR3414630.sra)

② fasterq-dump

fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了，不需要额外再下载。
fasterq-dump没有--gzip的选项，若想生成压缩格式文件，常与多线程压缩工具pigz联合使用

• （非--gzip模式）
  用时：1m21s

time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra)

• fasterq-dump + pigz :
  用时：2m14s

time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p 12 SRR3414630.fastq)

③ parallel-fastq-dump

• （非--gzip模式）
  用时：53s

time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3  -s SRR3414630.sra)

• (--gzip模式):
  用时：1m1s

time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3  --gzip -s SRR3414630.sra)

2. 再测试处理一个2.6G的10X测序SRA文件所用时间

① fastq-dump （--gzip）

用时：38m23s ( 这也太慢了吧。。。)

time ( fastq-dump -O ./ --split-files --gzip SRR7722937.sra )

② fasterq-dump + pigz

用时：11m12s
（注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical，仅加--split-files得不到三个文件 ）

time ( fasterq-dump -e 12  -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra  ; pigz -p 12  *fastq)

③ parallel-fastq-dump（--gzip）

用时：4m2s
（处理10x数据的参数与fastq-dump一致，仅用--split-files即可）

time ( parallel-fastq-dump -t 12  -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra ) 

通过以上测试，可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的！！！
在本例中，调用12线程，parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍， 比fastq-dump快8-10倍!
那之后就多尝试用parallel-fastq-dump代替我常用的fasterq-dump+pigz吧