小功能 | 快速准确地进行两个物种的基因ID转换
很多时候,我们拿到一个物种的一堆基因ID,比如关联分析出来的?或者是差异表达分析出来的。我们会开始想,这些基因的功能是什么,或者直接一点,这些基因的同源基因在另一个物种是哪个?是否表达模式有趣?是否已经有相对明确的功能。或者,更为常见的:比如我做荔枝的,那么我会想看到,手上一堆荔枝的基因,都是拟南芥上的哪些基因的同源基因?更或者是甜橙上哪些?
于是,我们最经常做的,就是把当前物种的基因ID映射到另一个物种的基因ID上。
正好朋友在做这块工作遇到了一点小问题,干脆,我就拆解出去年写的一段代码,做成一个新的TBtools功能。
The Best ID Converter
界面如下:
操作非常简单,放两个文件,设置一个输出路径和前缀就好了
等待,即可得到一个 *.IDconverted.Result.xls
文件。打开即为映射结果。
第三列是映射质量,分为:
- Excellent
- Good
- Average
- Fair
- Poor
写在最后
这个功能,感觉没什么用但是又觉得似乎有用。希望对大伙有帮助或许。
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