Bioinformatics资源介绍2

1. 阅读学习

• 25个生信自学网站：
  http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMjY4MDE2Mg==&mid=2247484961&idx=1&sn=4bc27f5db53b55440745c4e511d61a55&chksm=9ac7f22cadb07b3a631485af0832c4c7257da7e5cdfd29ac98fca0daf38212bd94dc159dd43b&mpshare=1&scene=24&srcid=0711dgozX7fT6hbcX8shaepo&sharer_sharetime=1594474435630&sharer_shareid=bcf6b380319b470103519770f8033c29#rd
• 博客学习：
  360个人图书馆 ： http://www.360doc.com/userhome/19913717
  生信技能树： http://www.biotrainee.com/
  博客园： https://www.cnblogs.com/leezx/
  简书： https://www.jianshu.com/nb/21052660
  Excel、PPT精通使用 ： http://tech.163.com/special/1/000915SS/1msoffice.html#3
  测序流程理解：https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
  生信小白鱼博客🐟：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1213409.html
  2.有用的流程工具
• 常用生物信息在线工具：http://tiramisutes.github.io/2015/08/05/bio-online.html
• 346个基因组可视化工具：https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=true
• 39个RNAseq数据分析工具对比：http://www.360doc.com/content/17/1002/18/45962007_691819499.shtml
  3.下载数据
• 测序介绍：
  http://3g.dxy.cn/bbs/topic/29785760?sf=2&dn=4
  https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
  https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/60/
• 植物 Ensemble网址：
  植物基因组数据： ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-39/
  小麦参考基因组网址：https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/
  油菜基因组在线：http://www.genoscope.cns.fr/brassicanapus/
• 序列操作工具:
  BioPHP：http://www.detaibio.com/sms2/combine_fasta.html
  BioJava：https://github.com/biojava/biojava
  Bioperl：https://github.com/bioperl
  Bioruby：http://bioruby.org/doc/Tutorial.rd.html
  Biopython：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/
• 几个常用工具：
  汇总版网址：http://www.360doc.com/content/18/0220/15/19913717_730998274.shtml
  启动子预测：https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
  ORF预测：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
  序列比对：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
  运行速度比较快的多序列比对： http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
  DNA、RNA、蛋白的多序列比对： http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
  绘制Venn图1：http://www.biovenn.nl/index.php
  绘制Venn图2：https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
  绘制GO注释结果图 ： http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
  绘制圈图：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
• GO富集分析：
  agriGO: http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php
  david: https://david.ncifcrf.gov/ + http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php
  clusterprofiter: