细胞通讯Domino记录

Domino算法是由Jennifer H. Elisseeff团队于2021年发表在Nature Biomedical Engineering 杂志上的一篇题为：Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics（Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics | Nature Biomedical Engineering
）中所构建的新算法，是一个基于转录因子激活的单细胞RNA seq中分析细胞内和细胞间信号的工具。

想学习一下这个方法来分析细胞通讯，于是在gihub上找到了Domino的教程（Elisseeff-Lab/domino: A software package for connecting cell level features in single cell RNA sequencing data with receptor ligand activity. (github.com)
），根据教程进行在create_domino（）卡住了。

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pbmc_dom = create_domino(signaling_db = '~/work/ref/human/cpdb/',
features = auc, counts = counts, z_scores = z_scores, clusters = clusters,
df = 'regulons.csv')
一直报错

image.png

根据domino tuturial说signaling_db是要告知create_domino（）它所需的cellphonedb数据集的正确目录放进去。所以我把它前面介绍cellphonedb时提到的4个文件：
genes.csv
proteins.csv
interactions.csv
complexes.csv
均下载到本地进行导入，然后我也试过把4个文件移到‘~/work/ref/human/cpdb/’，还是不能导入，报错：Error in file（file，“rt”）：invalid ‘description’ argument
问了chat说可能是regulons.csv文件的路径不对，我修改了路径，确定里面有regulons.csv这个文件，还是照样报错。

对于这个报错，有前辈遇到过吗？可否指导一下如何修改代码才能正确导入？

另外，我在想是否是regulons.csv文件不适配了，毕竟我按domino教程上的地址来下载这4个文件是没有下载到的，提示链接过期或文件不存在，然后是在cellphonedb网站上找到了它所需的4个文件再下载下来的。目前打算从头开始，先运行SCENIC，得到regulons.csv再进行后续。

对于细胞通讯分析，大家有没有比较推荐的算法呢？

后续

用pyscenic重新跑了scenic这部分的分析，得到了新的regulons.csv和auc_mtx.csv文件，然后再在RStudio里运行，发现还是不行，提示了另一个报错说cpdb的某个文件哪一行少了对应的数据，改了好久都不见跑通，后来想想为啥不在服务器上跑R试试。于是在服务器上运行R将相应的包给装上，跟着代码跑，运行嘎嘎快，一下就跑通了！