重磅干货|你需要了解的 BSA 性状定位都在这里

在农业科学中，经常会遇到将与性状相关的基因或位点在基因组上进行定位的需求，此时BSA作为一种特殊的分析方法便有了大显身手的机会，其优势在于群体要求和实验成本较低，对质量性状或者数量性状都可以进行候选基因定位。

虽然 BSA 性状定位的方法相对简单易懂，但是初次接触的老师对于 BSA 项目的很多方面仍存在不少疑问，这一期小编总结了 BSA 项目常见问题，专门解答您的疑惑。

Q1：什么样的亲本适合构建群体？

答：建议尽可能选择性状差异单⼀，杂合位点少的亲本，同时建议亲本间差异不要过⼤，若亲本差异过⼤，会由于亲本间物种的差异⽽导致较重的假阳性，且容易定位到假阳性区域；若选择存在直接亲缘关系的两个品种，由于亲本差异过⼩，容易定位不到候选区域；对于⽬标性状亲本，有多种⽅法获得，例如 EMS 诱变，⾃然个体，紫外线诱变，均可通过 BSA 来定位候选基因。

Q2： 能否只测亲本？或者只测子代池？或者只测1个子代池？

答：分两种情况：

（1）如果研究的性状是EMS诱导的突变性状，可以只测两个⼦代池（野⽣型＋突变型），或者测 1个亲本（野⽣型）和1个⼦代池（突变型）；

（2）如果研究的性状是数量性状，建议测2个亲本和2个⼦代池，诺禾致源通过实际在线项⽬评估了样品个数对分析结果的影响，其中4个样品的结果最好（即2个亲本＋2个⼦代池），其次是测⼀个亲本和两个⼦代池，如果只测两个⼦代池，假阳性会增加，得到的SNP会有很多。

Q3亲本用种子样本提DNA测序，子代是否可以用叶片提取DNA测序？

答：不同部位材料的DNA是否影响主要考虑两⽅⾯：⼀看种⽪和胚乳的构成，种⽪⼀般来 源于母本，如果是种⽪居多会有影响；⼆看纯合度，如果纯合度⾼，亲本和⼦代差别不⼤， 影响不⼤。

Q4：子代DNA 如何混池？

答：建议每个子代样本单独提取 DNA 后再等量混合，可以减少背景噪音，避免系统误差。

Q5：两个⼦代池，⼀个池 30 个样本，⼀个池 20 个样本，该怎么混，测多少 X？

答：经济⽅案：每个池混 20 个样本，各测 20X； ⼟豪⽅案：⼀个池混 30 个，⼀个池混 20 个，均测 30X。

Q6：能否保证定位到的候选区域的大小和候选基因的个数?

候选区域的大小和候选基因个数的多少，与群体的大小、亲本材料差异的大小、目标性状特点、测序深度的多少、分析物种的基因组水平等多项因素相关，可以参考项目经验或者已发表文献进行估计。

Q7：定位区间偏大，如何调整？

可以调整置信区间或者在 BSA 定位区间挑选 SNP、InDel 标记，进行局部作图，有效的缩小定位区间。

Q8：经过候选基因筛选，得到目标基因后如何进行验证?

常见验证方法如下:

验证SNP：

将候选SNPs转化成CAPS或dCAPS等标记进行验证。即：对候选的 SNPs进行限制性内切酶识别位点分析，筛选出引起酶切识别位点改变的SNPs， 使用相应的引物扩增这些SNPs所在的片段，然后对扩增产物进行酶切和电泳检测，将SNPs转化为CAPS标 记；对CAPS标记进行多态性分析,以验证标记的可用性；

将候选SNP所在区段进行 PCR扩增，然后利用Sanger测序验证扩增产物；

（2）利用RT-PCR验证候选基因表达量在不同表型中是否有变化；

（3）基于转录组的差异表达分析,看基因表达是否有显著差异；

（4）RNAi 分析：使用RNAi技术特异性剔除或关闭特定基因的表达。

以上就是对 BSA 性状定位项目经常发生的问题的答疑，当不知道自己的材料是否适合做 BSA 或者如何混池选样，本篇推文应该可以帮到你～记得点击收藏哦～

诺禾致源已对作物类、果蔬类、水产、普通植物类等数百种物种进行精确目标性状定位。“科学的方案设计，严格的质控管理，专业的分析团队，丰富的项目经验，优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成，助力科学研究。